Taken together, the many potentiall

Taken together, the many potentially influential parameters that differed between the two studies may well explain why only a small fraction of eQTL results were reproducible. Given the difficulty in validating cis-associations, it is probably not surprising that none of the trans-associations could be reproduced, as these are based on additional indirect downstream effects and are therefore generally less well replicated than cis-associations. (16,47)
Pharmacologically relevant eQTLs were extracted based on a comprehensive compilation of 682 non-overlapping ADME genes, resulting in 89 cis- and 6 trans-associations. Similarly to the entire eQTL set, only 3 of the 95 ADME eQTLs were exactly replicated, and another 10 eQTLs were shown to be replications by LD. More detailed information on all replicated associations is presented in Supplementary Results and Discussion. Several of the unique ADME gene associations of our study concern known polymorphically expressed genes, including UGT1A1, (44) CYP4F12 (48) and GST subforms M3, O2 and T1. Although these were not identified in the Seattle study, they likely relate to these biologically confirmed polymorphisms. Except for CYP3A5 and CYP4F12, no other CYP genes were present among the identified eQTLs. The failure to detect the well-known polymorphic CYPs (for example, 2A6, 2B6, 2C19, 2D6) may be explained by the mechanisms involved which often include complex splicing events which may not be detectable by the microarray probes. (49)
During revision of this manuscript, another paper appeared, (50) which similar to our paper compared the results of an eQTL associationanalysis in human livers (two collectives with [n.sub.1] = 206 and [n.sub.2] = 60) with the Seattle study. (16) Using different validation sets, they found replication rates between 49 and 58% for cis-eQTLs, that is, about half of all cis-associations failed to be validated in their study. A thorough investigation of the factors influencing reproducibility revealed similar reasons as those mentioned in our study. The lower replication rate in our study compared with (50) may be explained by more relaxed validation criteria in their study, in particular regarding muss less stringent multiple correction conditions. Other likely reasons for differing replication rates include the factors discussed above, that is, origin and sampling conditions of the tissues, statistical modeling, as well as ethnicity and other covariates of the liver donors.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Diambil bersama-sama, berpotensi berpengaruh banyak parameter yang berbeda antara dua studi menjelaskan mengapa hanya sebagian kecil dari hasil eQTL yang direproduksi. Mengingat kesulitan dalam mengesahkan cis-Asosiasi, hal ini mungkin tidak mengherankan bahwa tak satu pun dari trans-Asosiasi dapat direproduksi, karena ini didasarkan pada efek tidak langsung tambahan hilir dan karena itu umumnya kurang baik direplikasi dari cis-Asosiasi. (16,47)
eQTLs suatu obat relevan diambil berdasarkan kompilasi 682 bebas yang tumpang tindih ADME gen, mengakibatkan 89 cis - dan 6 trans-Asosiasi komprehensif. Demikian pula dengan menetapkan seluruh eQTL, hanya 3 yang 95 ADME eQTLs adalah persis direplikasi, dan lain eQTLs 10 beracun untuk replications oleh LD. Informasi lebih rinci tentang semua direplikasi Asosiasi disajikan dalam hasil tambahan dan diskusi. Beberapa Asosiasi gen ADME unik dari perhatian studi kami dikenal polymorphically dinyatakan gen, termasuk UGT1A1, (44) CYP4F12 (48) dan GST subforms M3, O2 dan T1. Walaupun tidak diidentifikasi dalam studi Seattle, mereka mungkin berhubungan dengan polimorfisme biologis dikonfirmasi ini. CYP3A5 dan CYP4F12, ada gen CYP lainnya hadir antara eQTLs diidentifikasi. Kegagalan untuk mendeteksi CYPs polimorfik terkenal (misalnya, 2A6, 2B6, 2 C 19, 2D 6) dapat dijelaskan oleh mekanisme yang terlibat yang sering termasuk kompleks splicing peristiwa-peristiwa yang tidak dapat terdeteksi oleh probe microarray. (49)
Selama revisi naskah ini, kertas lain muncul, (50) yang mirip dengan kami kertas dibandingkan hasil eQTL associationanalysis dalam hati manusia (dua kolektif dengan [n.sub.1] = 206 dan [n.sub.2] = 60) dengan studi Seattle. (16) menggunakan berbeda validasi set, mereka menemukan replikasi harga antara 49 dan 58% untuk cis-eQTLs, yaitu, sekitar setengah dari cis-Asosiasi semua gagal disahkan dalam studi mereka. Penyelidikan menyeluruh dari faktor-faktor yang mempengaruhi reproduktibilitas mengungkapkan alasan yang sama seperti yang disebutkan dalam penelitian kami. Tingkat replikasi yang lebih rendah dalam studi kami dibandingkan dengan (50) dapat dijelaskan oleh kriteria santai validasi lebih dalam studi mereka, khususnya mengenai muss kurang ketat beberapa kondisi koreksi. Alasan lain mungkin berbeda replikasi tarif meliputi faktor-faktor yang dibahas di atas, yaitu asal-usul dan kondisi pengambilan sampel jaringan, statistik pemodelan, serta etnis dan lain covariates hati donor.

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

Secara keseluruhan, banyak parameter yang berpotensi berpengaruh yang berbeda antara dua studi mungkin menjelaskan mengapa hanya sebagian kecil dari hasil eQTL yang direproduksi. Mengingat kesulitan dalam memvalidasi cis-asosiasi, itu mungkin tidak mengherankan bahwa tidak ada trans-asosiasi dapat direproduksi, karena ini didasarkan pada efek hilir tambahan tidak langsung dan karena itu umumnya kurang baik direplikasi dari cis-asosiasi. (16,47)
farmakologi eQTLs relevan diekstraksi berdasarkan kompilasi komprehensif dari 682 non-tumpang tindih gen ADME, mengakibatkan 89 cis-dan trans-6 asosiasi. Demikian pula untuk seluruh eQTL set, hanya 3 dari 95 eQTLs ADME yang tepat direplikasi, dan lain 10 eQTLs yang ditampilkan untuk ulangan dengan LD. Informasi lebih rinci tentang semua asosiasi direplikasi disajikan di Hasil Tambahan dan Pembahasan. Beberapa asosiasi gen ADME unik perhatian penelitian kami dikenal gen polymorphically diungkapkan, termasuk UGT1A1, (44) CYP4F12 (48) dan GST subforms M3, O2 dan T1. Meskipun tidak diidentifikasi dalam studi Seattle, mereka mungkin berhubungan dengan ini polimorfisme biologis dikonfirmasi. Kecuali untuk CYP3A5 dan CYP4F12, tidak ada gen CYP lain yang hadir antara eQTLs diidentifikasi. Kegagalan untuk mendeteksi CYPs polimorfik terkenal (misalnya, 2A6, 2B6, 2C19, 2D6) dapat dijelaskan oleh mekanisme yang terlibat yang sering termasuk peristiwa splicing kompleks yang mungkin tidak terdeteksi oleh probe microarray. (49)
Selama revisi naskah ini, kertas lain muncul, (50) yang mirip dengan kertas kita membandingkan hasil dari associationanalysis eQTL dalam hati manusia (dua kolektif dengan [n.sub.1] = 206 dan [n.sub. 2] = 60) dengan studi Seattle. (16) Menggunakan set validasi yang berbeda, mereka menemukan tingkat replikasi antara 49 dan 58% untuk cis-eQTLs, yaitu sekitar separuh dari semua cis-asosiasi gagal divalidasi dalam studi mereka. Sebuah penyelidikan menyeluruh faktor yang mempengaruhi reproduksibilitas mengungkapkan alasan yang sama seperti yang disebutkan dalam penelitian kami. Semakin rendah tingkat replikasi dalam penelitian kami dibandingkan dengan (50) dapat dijelaskan oleh kriteria validasi lebih santai dalam studi mereka, khususnya mengenai muss beberapa kondisi koreksi kurang ketat. Kemungkinan alasan lain untuk berbeda tingkat replikasi meliputi faktor-faktor yang dibahas di atas, yaitu, asal dan kondisi sampling jaringan, pemodelan statistik, serta etnisitas dan kovariat lain dari donor hati.