FIGURE [2] OMITTEDDalam studi ini,

FIGURE [2] OMITTED

Dalam studi ini, kita terpadu fosfatase perlakuan dan stableisotope melabelkan untuk menentukan situs stoichiometries protein phosphorylations dalam skala besar. Metode dapat menyediakan ribuan stoichiometry pengukuran untuk satu kondisi seluler. Kami basa stoichiometry untuk mengukur tingkat lebih dari 5,000 acara di dalam buku yeast tumbuh secara eksponensial. Kami mendapat nilai akurasi metode ini selama sepuluh situs yang berbeda stoichiometries menggunakan strategi AQUA (13). Bioinformatic analisis menunjukkan bahwa situs yang asam, rata-rata, stoichiometry yang lebih tinggi dibanding motifs dan bahwa high-stoichiometry situs tidak lebih conserved di yeast spesies dari low-stoichiometry situs. Beberapa biologi dan fungsional secara statistik kategori yang diperkaya untuk ramai atau sepi stoichiometry.

HASIL

Metode untuk menilai absolut stoichiometry dalam skala besar

Gambaran umum tentang metode ditampilkan pada Gambar 1. Di metode ini, sel lysate adalah pertama digested dengan endoproteinase lys-C. Dua 0.5 mg peptide aliquots yang dikenakan baik fosfatase perawatan atau mengolok-olok reaksi. Setelah reaksi, Peptida di alam phosphatase-treated sampel yang dilabeli oleh reductive dimethylation menggunakan deuteroformaldehyde untuk dimethylate bebas amines (29). The mengolok-olok reaksi kimia sampel yang berlabel menggunakan formalin. Kedua aliquots ini kemudian campuran, yang mengakibatkan 1:1 rasio untuk semua Peptida tidak terpengaruh oleh fosfatase perawatan. The campuran sampel yang kemudian dianalisis oleh massa dalam Gas-Spektrometri pengurutan untuk mengidentifikasi dan quantify peptide spesiesyang sebanyak mungkin. Ini melibatkan pemisahan oleh hydrophilic interaksi Kromatografi cair lalu analisis setiap oleh pecahan cair chromatography-tandem Gas-Spektrometri Massa () LC-MS/MS teknik. Di antara ribuan terdeteksi Peptida akan menjadi orang yang sebelumnya phosphorylated. Peptida seperti itu akan menampilkan dan meningkatkan intensitas mitra berat di atas co-eluting cahaya langsung versi, mewakili bagian dari peptide yang phosphorylated. Masing-masing Peptida yang disebut '' () occupancy-determining peptide ODP, dan mereka langsung mengkodekan perubahan absolut stoichiometry berdasarkan rasio yang berat/cahaya spesies (1 x 1/ratio (-) 100%). Daftar ODPs dapat dikumpulkan dari sebelumnya diterbitkan datasets dari site-specific phosphorylation. The tindih antara ini diterbitkan datasets dengan phosphatase-treated satu menentukan jumlah situs yang stoichiometries dapat ditentukan.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

GAMBAR [2] DIHILANGKANDalam studi ini, kita terpadu fosfatase perlakuan dan stableisotope melabelkan untuk menentukan situs stoichiometries protein phosphorylations dalam skala besar. Metode dapat menyediakan ribuan stoikiometri pengukuran untuk satu kondisi seluler. Kami basa stoikiometri untuk mengukur tingkat lebih dari 5.000 acara di dalam buku ragi tumbuh secara eksponensial. Kami mendapat nilai akurasi metode ini selama sepuluh situs yang buah stoichiometries menggunakan strategi AQUA (13). Bioinformatic analisis menunjukkan bahwa situs yang asam, rata-rata, stoikiometri yang lebih tinggi dibanding motif dan bahwa tinggi-stoikiometri situs tidak lebih kekal di ragi spesies dari rendah-stoikiometri situs. Beberapa dosen dan fungsional secara statistik kategori yang diperkaya untuk ramai atau sepi stoikiometri.HASILMetode untuk menilai absolut stoikiometri dalam skala besarGambaran umum tentang metode ditampilkan pada Gambar 1. Di metode ini, sel lysate adalah pertama digested dengan endoproteinase lys-C. Dua 0.5 mg peptide aliquots yang dikenakan baik fosfatase perawatan atau mengolok-olok reaksi. Setelah reaksi, Peptida di alam phosphatase-treated sampel yang dilabeli oleh reductive dimethylation menggunakan deuteroformaldehyde untuk dimethylate bebas amines (29). The mengolok-olok reaksi kimia sampel yang berlabel menggunakan formalin. Kedua aliquots ini kemudian campuran, yang mengakibatkan 1:1 rasio untuk semua Peptida tidak terpengaruh oleh fosfatase perawatan. The campuran sampel yang kemudian dianalisis oleh massa dalam Gas-Spektrometri pengurutan untuk mengidentifikasi dan quantify peptide spesiesyang sebanyak mungkin. Ini melibatkan pemisahan oleh hydrophilic interaksi Kromatografi cair lalu analisis setiap oleh pecahan cair chromatography-tandem Gas-Spektrometri Massa () LC-MS/MS teknik. Di antara ribuan terdeteksi Peptida akan menjadi orang yang sebelumnya phosphorylated. Peptida seperti itu akan menampilkan dan meningkatkan intensitas mitra berat di atas co-eluting cahaya langsung versi, mewakili bagian dari peptide yang phosphorylated. Masing-masing Peptida yang disebut '' () occupancy-determining peptide ODP, dan mereka langsung mengkodekan perubahan absolut stoichiometry berdasarkan rasio yang berat/cahaya spesies (1 x 1/ratio (-) 100%). Daftar ODPs dapat dikumpulkan dari sebelumnya diterbitkan datasets dari site-specific phosphorylation. The tindih antara ini diterbitkan datasets dengan phosphatase-treated satu menentukan jumlah situs yang stoichiometries dapat ditentukan.

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

GAMBAR [2] dihilangkan

Dalam penyusunan Tugas Penyanyi, kitd terpadu fosfatase perlakuan Dan stableisotope melabelkan untuk review menentukan situs stoichiometries fosforilasi protein hearts skala Anda gede. Metode can be MENYEDIAKAN RIBUAN stoikiometri Pengukuran untuk review Satu Kondisi seluler. Kami basa stoikiometri untuk review mengukur Tingkat Lebih Dari 5.000 Acara di hearts buku ragi Tumbuh Beroperasi eksponensial. Kami mendapat Nilai Akurasi Metode Penyanyi selama Sepuluh situs Yang BERBEDA stoichiometries Pengembangan strategi using AQUA (13). Bioinformatika analisis menunjukkan bahwa situs Yang asam, rata-rata, stoikiometri Yang LEBIH Tinggi dibanding motif Dan bahwa tinggi-stoikiometri situs TIDAK LEBIH dilestarikan di ragi spesies USING murah stoikiometri situs. Beberapa biologi Dan Fungsional Beroperasi statistik kategori Yang diperkaya untuk review Ramai ATAU sepi stoikiometri.

HASIL

Metode untuk review menilai absolut stoikiometri hearts skala Anda gede

Gambaran Sales manager TENTANG Metode ditampilkan PADA Gambar 1. Di Metode Penyanyi, sel lisat Adalah Pertama dicerna DENGAN endoproteinase lys-C. Dua 0,5 mg peptida aliquots Yang dikenakan Baik fosfatase Perawatan ATAU mengolok-olok Reaksi. Penghasilan kena pajak Reaksi, Peptida di alam fosfatase-diperlakukan sampel Yang dilabeli Oleh reduktif dimethylation using deuteroformaldehyde untuk review dimethylate prabayar bebas amina (29). Mengolok-olok para Reaksi kimia sampel Yang berlabel formalin using. Kedua aliquots Penyanyi Campuran kemudian, Yang mengakibatkan 1: 1 rasio untuk Semua Peptida TIDAK terpengaruh Oleh fosfatase Perawatan. The Campuran sampel which are dianalisis Oleh massa hearts Gas-Spektrometri pengurutan untuk review mengidentifikasi Dan mengukur peptida spesiesyang sebanyak Mungkin. Penyanyi melibatkan pemisahan Oleh hidrofilik Interaksi Kromatografi cair Lalu analisis SETIAP Oleh Pecahan cair kromatografi-tandem Gas-Spektrometri Massa () LC-MS / MS teknik. Di ANTARA RIBUAN terdeteksi Peptida akan Menjadi orangutan Yang sebelumnya terfosforilasi. Peptida seperti ITU akan menampilkan Dan meningkatkan Intensitas mitra Berat di differences co-eluting cahaya Langsung versi, mewakili Bagian Dari peptida Yang terfosforilasi. Masing-masing Peptida Yang disebut '' () hunian-menentukan peptida ODP, Dan mereka Langsung mengkodekan perubahan absolut stoikiometri berdasarkan rasio Yang Berat / spesies cahaya (1 x 1 / rasio (-) 100%). PT ODPs can be dikumpulkan Dari sebelumnya Diterbitkan dataset Dari situs khusus fosforilasi. The tindih ANTARA Penyanyi Diterbitkan dataset DENGAN phosphatase-diperlakukan Satu menentukan Jangka Waktu situs Yang stoichiometries can be ditentukan.