Untuk memvalidasi kita stoichiometr

Untuk memvalidasi kita stoichiometry pengukuran, kami menggunakan metode lain independen, yang AQUA strategy13, untuk secara akurat menentukan stoichiometries dari sepuluh situs dipilih untuk mewakili penuh rentang negara asing dan Fig. 3 (Tabel 1). Kami buatan sepuluh pasangan berat phosphopeptides dan sesuai nonphosphopeptides. Ke yang proteolyzed wholecell lysate, kami dibubuhi dikenal jumlah Peptida berat dan dianalisis contoh oleh LC-MS/MS Metode Online (). Kami dianalisis yang diekstrak chromatographic puncak dari non-phosphopeptide (RIIEHSDVENENVK) dan phosphopeptide () RIIEHS*DVENENVK ion untuk situs Ser618 dari protein UBP1, seorang ubiquitin-specific protease yang menghilangkan ubiquitin dari conjugated protein, dan mengidentifikasi yang sesuai phosphopeptide oleh MS/MS Fig., 3a (b). Menurut berat/cahaya spesies dan rasio jumlah berat Peptida dibubuhi ke dalam sampel, kami terhitung besarnya peptide dan phosphopeptide dalam lysate menjadi 20.5 fmol fmol dan 46.0, berturut-turut. Karena itu, stoichiometry dari situs ini 69.2%, yang setuju dengan nilai 59%, 59% dan 66% dalam buku biologi percobaan. The stoichiometries dari situs Ser266 dari IPP1 dan Thr710 dari DCP2 sangat rendah berdasarkan hasil percobaan besar kita; kita ini dikonfirmasi oleh AQUA, yang menghasilkan stoichiometries dari 1.8% dan 2%, berturut-turut. Selain itu, asam, Ser562 dari situs YML093W dan Ser379 dari BFR2, telah penuh atau hampir penuh occupancies (Tabel 1). The AQUA hasil yang konsisten lagi. Kesepuluh orang stoichiometries menghitung oleh situs AQUA sangat menyarankan bahwa kita skala besar metode untuk penentuan situs Fosforilasi dihuni dipercaya.

Hubungan antara kinase motifs dan situs stoichiometry

Kami berikutnya hanya melihat hubungan antara urutan tertentu motifs dipilih oleh kinases dan hasil situs stoichiometries. Fosforilasi situs yang berisi sebuah asam () casein kinase II-like motif telah dihuni lebih tinggi dibanding motifs (Fig. 4a). Prolinedirected situs, yang sering dimodifikasi oleh cyclin-dependent kinase (CDK) dan mitogen-activated protein kinase (MAPK), telah rendah daripada rata-rata occupancies.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Untuk memvalidasi kita stoikiometri pengukuran, kami menggunakan metode lain independen, yang AQUA strategy13, untuk secara Akurát hari menentukan stoichiometries dari sepuluh situs dipilih untuk mewakili penuh rentang negara asing dan Fig. 3 (Tabel 1). Kami buatan sepuluh pasangan berat dapat dan sesuai nonphosphopeptides. Ke yang proteolyzed wholecell lysate, kami dibubuhi dikenal jumlah Peptida berat dan dianalisis contoh oleh LC-MS/MS Metode Online (). Kami dianalisis yang diekstrak kromatografi puncak dari non-phosphopeptide (RIIEHSDVENENVK) dan phosphopeptide () RIIEHS * DVENENVK ion untuk situs Ser618 dari protein UBP1, diangkat ubiquitin-spesifik protease yang menghilangkan ubiquitin dari conjugated protein, dan mengidentifikasi yang sesuai phosphopeptide oleh MS MS gambar, 3a (b). Menurut berat cahaya spesies dan rasio jumlah berat Peptida dibubuhi ke dalam sampel, kami terhitung besarnya peptida dan phosphopeptide dalam lysate menjadi 20,5 fmol fmol dan 46.0, berturut-turut. Karena itu, stoikiometri dari situs ini 69.2%, yang setuju dengan nilai 59%, 59% dan 66% dalam buku dosen percobaan. Stoichiometries dari situs Ser266 dari IPP1 dan Thr710 dari DCP2 sangat rendah berdasarkan hasil percobaan besar kita; kita ini dikonfirmasi oleh AQUA, yang menghasilkan stoichiometries dari 1,8% dan 2%, berturut-turut. Selain itu itu, asam, Ser562 dari situs YML093W dan Ser379 dari BFR2, tlah hampir penuh atau tingkat penuh hunian (Tabel 1). AQUA hasil yang konsisten lagi. Kesepuluh orang stoichiometries menghitung oleh situs AQUA sangat menyarankan bahwa kita skala besar metode untuk penentuan situs Fosforilasi dihuni dipercaya.Hubungan antara kinase motifs dan situs stoichiometryKami berikutnya hanya melihat hubungan antara urutan tertentu motifs dipilih oleh kinases dan hasil situs stoichiometries. Fosforilasi situs yang berisi sebuah asam () casein kinase II-like motif telah dihuni lebih tinggi dibanding motifs (Fig. 4a). Prolinedirected situs, yang sering dimodifikasi oleh cyclin-dependent kinase (CDK) dan mitogen-activated protein kinase (MAPK), telah rendah daripada rata-rata occupancies.

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

Untuk review memvalidasi kitd stoikiometri Pengukuran, kami using Metode berbaring Tbk, Yang AQUA strategy13, untuk review Beroperasi Akurat menentukan stoichiometries Dari Sepuluh situs dipilih untuk review mewakili Penuh Rentang gatra Asing Dan Gambar. 3 (Tabel 1). Kami Buatan Sepuluh Pasangan Berat phosphopeptides nonphosphopeptides Dan Sesuai. Ke Yang proteolyzed lisat wholecell, kami dibubuhi dikenal Jangka Waktu Peptida Berat Dan dianalisis contoh Oleh LC-MS / MS Metode Online (). Kami dianalisis Yang diekstrak kromatografi Puncak Dari non-phosphopeptide (RIIEHSDVENENVK) Dan phosphopeptide () RIIEHS * DVENENVK ion untuk review situs Ser618 Dari UBP1 protein, Seorang ubiquitin-spesifik protease Yang menghilangkan ubiquitin Dari protein terkonjugasi, Dan mengidentifikasi Yang Sesuai phosphopeptide Oleh MS / MS Gambar ., 3a (b). * Menurut Berat / cahaya spesies Dan rasio Jangka Waktu Berat Peptida dibubuhi Ke hearts sampel, kami terhitung besarnya peptida Dan phosphopeptide hearts lisat Menjadi 20,5 fmol fmol Dan 46,0, berturut-Turut. KARENA ITU, stoikiometri Dari situs Penyanyi 69,2%, Yang Setuju DENGAN Nilai 59%, 59% dan 66% hearts buku biologi Percobaan. The stoichiometries Dari situs Ser266 Dari IPP1 Dan Thr710 Dari DCP2 Sangat Rendah hasil temuan berdasarkan Percobaan kitd gede; kitd Penyanyi dikonfirmasi Oleh AQUA, Yang menghasilkan stoichiometries Dari 1,8% dan 2%, berturut-Turut. Selain ITU, asam, Ser562 Dari situs YML093W Dan Ser379 Dari BFR2, has Penuh ATAU hampir Penuh tingkat hunian (Tabel 1). AQUA hasil temuan Yang konsisten Lagi. Kesepuluh orangutan stoichiometries Menghitung Oleh situs AQUA Sangat menyarankan bahwa kitd skala Anda gede Metode untuk review Penentuan situs fosforilasi dihuni dipercaya.

Hubungan ANTARA kinase motif Dan situs stoikiometri

Kami berikutnya Hanya Melihat hal Hubungan ANTARA Urutan Tertentu motif dipilih kinase Oleh artikel komersial situs stoichiometries. Fosforilasi situs Yang Berisi SEBUAH asam () kasein kinase II-seperti motif has dihuni LEBIH Tinggi dibanding motif (Gambar. 4a). Prolinedirected situs, Yang Sering dimodifikasi Oleh cyclin-dependent kinase (CDK) Dan mitogen-activated protein kinase (MAPK), has randah daripada rata-rata tingkat hunian.