2. Material and methods2.1. Taxonom

2. Material and methods
2.1. Taxonomic sampling
Both fresh (hairs or tissue) and museum samples were used in
this study (Table 1). Ten out of the eleven recognized species of
Herpestes were included. The missing species was the collared
mongoose (Herpestes semitorquatus); despite several attempts to
obtain DNA from museum samples, we were unable to obtain
any sequences for this species. Phylogenetic analyses were rooted
by the fossa (Cryptoprocta ferox) and the Malagasy civet (Fossa fossana),
two representatives of the Eupleridae, the Herpestidae’s
closest relatives (Yoder et al., 2003).
2.2. DNA extraction and sequencing
Total genomic DNA was isolated from fresh biological samples
following a CTAB-based protocol (Winnepenninckx et al., 1993)
and from museum specimen samples with a QIAamp DNA microkit
(Qiagen). Yu et al.’s (2006) protocol was used prior to extraction to
soften and pre-digest the samples. Dithiothreitol (DTT) was also
added during the tissue lyses to increase the amount of DNA collected
during extraction.
We used Cytb primers from Veron et al. (2004) and Gaubert
et al. (2004), and ND2 primers from Perez et al. (2006). A new
ND2 internal primer (ND2 IntR1: 50
-TTATTATGGTTGATGCTGC-30
)
was especially designed to amplify a short 50 end fragment (ca.
250 bp) from museum specimen extracts. The nuclear locus FGBi7,
which allowed the resolution of the Asian Viverridae phylogeny

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

2. bahan dan metode2.1. Taksonomi samplingSegar (rambut atau jaringan) dan museum sampel yang digunakan dalamstudi ini (Tabel 1). Sepuluh dari spesies diakui sebelasHerpestes dimasukkan. Spesies hilang ini berkerahLuwak (Herpestes semitorquatus); Meskipun beberapa upaya untukmendapatkan DNA dari museum sampel, kami tidak dapat untuk mendapatkanurutan-urutan apapun untuk jenis ini. Analisis filogenetik yang berakaroleh fosa (Cryptoprocta Dayak) dan musang Malagasi (fosa fossana),dua wakil dari Eupleridae, Herpestidaekerabat terdekat (Yoder et al., 2003).2.2. DNA ekstraksi dan sekuensingTotal DNA genom diasingkan dari sampel biologi segarsetelah berbasis CTAB protokol (Winnepenninckx et al., 1993)dan dari museum spesimen sampel dengan microkit QIAamp DNA(Qiagen). Yu et al. (2006) protokol digunakan sebelum ekstraksi untukmelembutkan dan pra-mencerna sampel. Dithiothreitol (DTT) adalah jugaditambahkan selama lyses jaringan untuk meningkatkan jumlah DNA dikumpulkanselama ekstraksi.Kami menggunakan Cytb primers dari Veron et al. (2004) dan Gaubertet al. (2004), dan ND2 primers dari Perez et al. (2006). BaruND2 internal primer (ND2 IntR1: 50-TTATTATGGTTGATGCTGC-30)terutama dirancang untuk memperkuat fragmen 50 akhir pendek (ca.250 bp) dari museum spesimen ekstrak. Lokus nuklir FGBi7,yang memungkinkan resolusi phylogeny Viverridae Asia

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

2. Bahan dan metode
2.1. Taksonomi sampel
Kedua segar (rambut atau jaringan) dan sampel museum yang digunakan dalam
penelitian ini (Tabel 1). Sepuluh dari sebelas spesies yang diakui
Herpestes dimasukkan. Spesies yang hilang adalah berkerah
luwak (Herpestes semitorquatus); meskipun beberapa upaya untuk
mendapatkan DNA dari sampel museum, kami tidak dapat memperoleh
urutan apapun untuk spesies ini. Analisis filogenetik berakar
oleh fossa (Cryptoprocta ferox) dan musang Malagasi (Fossa fossana),
dua perwakilan dari Eupleridae, yang Herpestidae ini
kerabat terdekat (Yoder et al., 2003).
2.2. Ekstraksi DNA dan sekuensing
Jumlah DNA genom diisolasi dari sampel biologis segar
berikut protokol berbasis CTAB (Winnepenninckx et al., 1993)
dan dari spesimen museum sampel dengan microkit QIAamp DNA
(Qiagen). Yu et al. (2006) protokol digunakan sebelum ekstraksi untuk
melembutkan dan pra-dicerna sampel. Dithiothreitol (DTT) juga
ditambahkan selama lisis jaringan untuk meningkatkan jumlah DNA yang dikumpulkan
selama ekstraksi.
Kami menggunakan primer Cytb dari Veron dkk. (2004) dan Gaubert
et al. (2004), dan primer ND2 dari Perez et al. (2006). Sebuah baru
primer internal yang ND2 (ND2 IntR1: 50
-TTATTATGGTTGATGCTGC-30
)
secara khusus dirancang untuk memperkuat pendek 50 akhir fragmen (ca.
250 bp) dari ekstrak spesimen museum. Lokus nuklir FGBi7,
yang memungkinkan resolusi filogeni Asia Viverridae