Fosforilasi situs stoichiometry. Ra

Fosforilasi situs stoichiometry. Ragi yang unggulan, tumbuh dan tiga eksperimen yang terpisah. Untuk setiap ditiru, lysate adalah proteolyzed dengan endoproteinase lys-C. Dua 0.5 mg peptide aliquots dikenakan baik untuk fosfatase perawatan atau mengolok-olok reaksi. Setelah reaksi, Peptida dalam phosphatase-treated sampel kimia yang dilabeli oleh reductive dimethylation menggunakan deuteroformaldehyde untuk dimethylate bebas amines (29). The mengolok-olok reaksi kimia survei ini dilabeli oleh reductive dimethylation menggunakan formalin. Kedua aliquots campuran itu kemudian, yang mengakibatkan 1:1 rasio dari hampir semua Peptida dianalisis oleh LC-mass Gas-Spektrometri teknik. Namun, urutan memberikan Fosforilasi akan mengakibatkan peningkatan tingkat mereka langsung proporsional terhadap jumlah terbelenggu oleh phosphorylation.

Kami metode memerlukan set data dari situs Fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima diterbitkan datasets (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala besar analisis mengenai yeast Fosforilasi dan, khususnya, informasi pelokalan juga disajikan. Kami hanya digunakan di situs yang dilokalkan percobaan ini. The pelokalan terkendali berbeda di setiap laporan. Kami digunakan untuk menemukan cutoff nilai berikut: situs dengan Phospho (STY probabilitas) (32) 0.9; > Ascore (7,10, 33) > 13 atau PLScore (31) > 10. Fosforilasi situs stoichiometries yang langsung terhitung menurut rasio yang berat/cahaya H/L Peptida () - ((1 x 1/ratio) 100%). Nilai kurang dari 1% ditetapkan ke 1%.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Fosforilasi situs stoikiometri. Ragi yang unggulan, tumbuh dan tiga eksperimen yang terpisah. Untuk setiap ditiru, lysate adalah proteolyzed dengan endoproteinase lys-C. Dua 0,5 mg peptida aliquots dikenakan baik untuk fosfatase perawatan atau mengolok-olok reaksi. Setelah reaksi, Peptida dalam sampel diperlakukan fosfatase kimia yang dilabeli oleh reduktif dimethylation menggunakan deuteroformaldehyde untuk dimethylate bebas amina (29). Mengolok-olok reaksi kimia survei ini dilabeli oleh reduktif dimethylation menggunakan formalin. Kedua aliquots campuran itu kemudian terjadi, yang mengakibatkan rasio 1:1 dari hampir semua Peptida dianalisis oleh LC-massa Gas-Spektrometri teknik. Namun, urutan memberikan Fosforilasi akan mengakibatkan walinya tingkat mereka langsung Stock terhadap jumlah terbelenggu oleh fosforilasi.Kami memerlukan Test set data dari situs Fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima diterbitkan dataset (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala besar analisis mengenai ragi Fosforilasi dan, khususnya, informasi pelokalan juga disajikan. Kami hanya ini digunakan dalan di situs yang dilokalkan percobaan ini. Pelokalan terkendali buah di tegaslah setiap. Kami ini digunakan dalan untuk menemukan cutoff nilai berikut: dengan situs Phospho (STY probabilitas) 0,9 (32); > Ascore (7,10, 33) > 13 atau PLScore (31) > 10. Fosforilasi situs stoichiometries yang langsung terhitung menurut rasio yang berat cahaya Peptida H L () - ((1 x 1 rasio) 100%). Nilai kurang dari 1% ditetapkan ke 1%.

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

Fosforilasi situs stoikiometri. Ragi Yang Unggulan, Tumbuh Dan Tiga eksperimen Yang terpisah. Untuk review SETIAP ditiru, lisat Adalah proteolyzed DENGAN endoproteinase lys-C. Dua 0,5 mg peptida aliquots dikenakan Baik untuk review fosfatase Perawatan ATAU mengolok-olok Reaksi. Penghasilan kena pajak Reaksi, Peptida hearts fosfatase-diperlakukan sampel kimia Yang dilabeli Oleh reduktif dimethylation using deuteroformaldehyde untuk review dimethylate prabayar bebas amina (29). The mengolok-olok Reaksi kimia Pengumpulan Penyanyi dilabeli Oleh reduktif dimethylation using formalin. Kedua aliquots Campuran ITU kemudian, Yang mengakibatkan 1: 1 rasio Dari hampir SEMUA Peptida dianalisis Oleh LC-massa Gas-Spektrometri teknik. Namun, Urutan memberikan fosforilasi akan mengakibatkan peningkatan Tingkat mereka Langsung proporsional Terhadap Jangka Waktu terbelenggu Oleh fosforilasi.

Kami Metode kumpulan data memerlukan Dari situs fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima Diterbitkan dataset (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala Anda gede Analisis Mengenai ragi fosforilasi Dan, khususnya, information pelokalan also disajikan. Kami Hanya digunakan di situs Yang dilokalkan Percobaan Penyanyi. The pelokalan terkendali BERBEDA di SETIAP Laporan. Kami digunakan untuk review menemukan cutoff Nilai berikut: situs DENGAN Phospho (Probabilitas STY) (32) 0,9; > Ascore (7,10, 33)> 13 ATAU PLScore (31)> 10. fosforilasi situs stoichiometries Yang Langsung terhitung * Menurut rasio Yang Berat / cahaya H / L Peptida () - ((1 x 1 / rasio) 100%). Nilai Kurang Dari 1% ditetapkan ke 1%.