LC-MS/MS analisis. Peptida Dried ya

LC-MS/MS analisis. Peptida Dried yang dibubarkan tahun 5% acetonitrile dan 4% formic asam, dan l [2] mikro dari solusi itu dimuat ke dalam kolom microcapillary penuh dengan C18 bercucuran (Magic C18AQ [] mikro, 5 m, Ångström [200], [125] mikro m x 16 cm) menggunakan Famos autosampler (LC Packings). Peptida yang dipisahkan oleh reversed-phase Kromatografi menggunakan Agilent 1100 biner memompa dengan gradien dari 70 menit 5-30% acetonitrile di formic Asam (0.125%) dan terdeteksi di mobil hibrid dual-cell empat lurus ion trap-orbitrap spektrometri massa (LTQ Orbitrap Velos, ThermoFisher) menggunakan metode data-dependent Top20 (38). Untuk setiap bersepeda, seorang Gas-Spektrometri Massa memindai dalam 3 x 106 Orbitrap di kontrol perolehan otomatis () AGC target diikuti oleh hingga 20 MS/MS memindai dalam LTQ yang paling kuat untuk ion. Terpilih ion dikeluarkan dari analisis lebih lanjut untuk s 30. Ion dengan ongkos +1 juga tidak ditetapkan atau ditolak. ion akumulasi maksimum adalah 1,000 kali massa ms untuk setiap penuh Gas-Spektrometri memindai dan 150 ms untuk MS/MS pemindaian.

Database pencarian. Setelah pembelian Gas-Spektrometri Massa data, Xcalibur .RAW format file yang dikonversi ke format mzXML. Individual prekursor dipilih untuk MS/MS fragmentasi yang dicek menggunakan algoritma yang mendeteksi dan memperbaiki kesalahan dalam monoisotopic puncak penetapan dan menyempurnakan prekursor ion massa pengukuran. Semua MS/MS spectra itu kemudian diekspor sebagai file DTA dicari dan menggunakan algoritma Sequest (39). Spectra yang cocok terhadap database yang berisi urutan semua protein dalam bingkai membaca yeast membuka database (6,607) entri yang diunduh dari Saccharomyces Genom Database di kedua maju dan membalikkan berbagai. Berikut parameter yang dipilih untuk mengidentifikasi Peptida untuk protein ekspresi percobaan: 50 p.p.m prekursor massa toleransi; 1.0 Da product-ion massa toleransi; hingga dua kehilangan cleavages; variabel modifikasi: oksidasi dari methionine (+15.9949 Da); Perubahan tetap: carbamidomethylation dari cysteine (+57.0214 Da). Salah penemuan tingkat dikendalikan menggunakan target-decoy strategi untuk membedakan benar dan salah identifikasi (30).

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Analisis LC-MS/MS. Peptida kering yang dibubarkan tahun asetonitril 5% dan 4% formic asam, l [2] dan mikro dari solusi itu dimuat ke dalam kolom microcapillary dengan penuh C18 bercucuran (Magic C18AQ [] mikro, 5 m, Ångström [200], [125] mikro m x 16 cm) menggunakan Famos autosampler (LC Kemasan). Peptida yang dipisahkan oleh dibalik fase Kromatografi menggunakan Agilent 1100 biner memompa dengan gradien dari 70 menit 5-30% asetonitril di formic Asam (0,125%) dan terdeteksi di mobil hibrid dual-sel empat lurus perangkap ion-orbitrap spektrometri massa (LTQ Orbitrap Velos, ThermoFisher) menggunakan metode bergantung pada data Top20 (38). Untuk setiap bersepeda, diangkat Gas-Spektrometri Massa memindai dalam 3 x 106 Orbitrap di kontrol perolehan otomatis () AGC target diikuti oleh hingga 20 MS MS memindai dalam LTQ yang paling kuat untuk ion. Terpilih ion dikeluarkan dari analisis lebih lanjut untuk s 30. Ion dengan ongkos + 1 juga tidak ditetapkan atau ditolak. Ion akumulasi maksimum adalah 1.000 kali massa ms untuk setiap penuh Gas-Spektrometri memindai dan 150 ms untuk MS MS pemindaian.Database pencarian. Setelah pembelian Gas-Spektrometri Massa data, Xcalibur. RAW format file yang dikonversi ke format mzXML. Individu prekursor dipilih untuk MS MS fragmentasi yang dicek menggunakan algoritma yang mendeteksi dan memperbaiki kesalahan dalam monoisotopic puncak penetapan dan menyempurnakan prekursor ion massa pengukuran. Rukan MS/MS spektrum itu kemudian terjadi diekspor sebagai file DTA dicari dan menggunakan algoritma Sequest (39). Spektrum yang cocok terhadap database yang berisi urutan semua protein dalam bingkai Depdiknas ragi membuka database (6,607) entri yang diunduh dari Saccharomyces Genom Database di kedua maju dan membalikkan berbagai macam. Berikut parameter yang dipilih untuk mengidentifikasi Peptida untuk protein ekspresi percobaan: 50 ppm prekursor massa toleransi; 1.0 Da produk-ion massa toleransi; hingga dua kehilangan mengkilat; variabel modifikasi: oksidasi dari metionin (+15.9949 Da); Perubahan tetap: carbamidomethylation dari Sistein (+57.0214 Da). Salah penemuan tingkat dikendalikan menggunakan target-pemikat strategi untuk membedakan menu dan salah identifikasi (30).

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

LC-MS / MS analisis. Peptida Kering Yang dibubarkan Tahun 5% asetonitril dan 4% asam formiat, Dan L [2] Solusi mikro Dari ITU dimuat Ke hearts Kolom microcapillary Penuh DENGAN C18 bercucuran (Magic C18AQ [] mikro, 5 m, angstrom [200], [125] mikro mx 16 cm) using Famos autosampler (LC kemasan). Peptida Yang dipisahkan Oleh fase terbalik Kromatografi using Agilent 1100 biner memompa DENGAN gradien Dari 70 Menit 5-30% asetonitril di Asam (0,125%) formiat Dan terdeteksi di mobil hibrid empat dalam dual-sel lurus perangkap ion-Orbitrap spektrometri massa (LTQ Orbitrap Velos , ThermoFisher) using Metode Data-dependent Top20 (38). Untuk review SETIAP Bersepeda, Seorang Gas-Spektrometri Massa memindai hearts 3 x 106 Orbitrap di Kontrol Yang Dimiliki otomatis () AGC Target diikuti Oleh Hingga 20 MS / MS memindai hearts LTQ Yang memucat KUAT ion untuk review. Terpilih ion dikeluarkan Dari analisis LEBIH lanjut untuk review s 30. Ion DENGAN ongkos 1 also TIDAK ditetapkan ATAU ditolak. ion akumulasi Maksimum Adalah 1.000 ms Kali massa untuk review SETIAP Penuh Gas-Spektrometri memindai Dan 150 ms untuk review MS / MS pemindaian.

database pencarian. Penghasilan kena pajak Pembelian Gas-Spektrometri Data Massa, format file Xcalibur .RAW Yang Format dikonversi Ke mzXML. Individu prekursor dipilih untuk review MS / MS fragmentasi Yang dicek using algoritma Yang mendeteksi Dan Memperbaiki Kesalahan hearts monoisotop Puncak Penetapan Dan menyempurnakan prekursor ion massa Pengukuran. * Semua MS / MS spektra ITU kemudian diekspor sebagai mengajukan DTA dicari Dan using algoritma Sequest (39). Spectra Yang Cocok Terhadap Database Yang Berisi Urutan SEMUA protein hearts Bingkai membaca ragi Database Membuka (6607) entri Yang diunduh Dari Saccharomyces Genom database di kedua maju Dan membalikkan different. Berikut parameter Yang dipilih untuk review mengidentifikasi Peptida untuk review protein Ekspresi Percobaan: 50 ppm prekursor massa Toleransi; 1.0 Da produk-ion massa Toleransi; Hingga doa Kehilangan perpecahan; variabel modifikasi: oksidasi Dari metionin (15,9949 Da); Tetap Perubahan: carbamidomethylation Dari sistein (57,0214 Da). Salah penemuan Tingkat dikendalikan using sasaran-umpan Pengembangan strategi untuk review membedakan Benar Dan shalat identifikasi (30).