Pada tahun 1978, ia diangkat sebagai Menteri Riset dan Teknologi. Habibie terpilih sebagai wakil presiden pada Maret 1998. Pada tanggal 21 Mei 1998, Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya dan Habibie segera dilantik sebagai presiden. Pemerintah Habibie stabil ekonomi dalam menghadapi krisis keuangan Asia dan kekacauan beberapa bulan terakhir dari presiden Soeharto.
Sejak melepaskan presiden, Habibie telah menghabiskan lebih banyak waktu di Jerman daripada di Indonesia. Namun, ia juga telah aktif sebagai penasehat presiden selama presiden Susilo Bambang Yudoyono ini. Pada September 2006, ia merilis buku berjudul Detik- Detik Yang Menentukan: Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi (Moments Menentukan: Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi). Buku ini mengingatkan peristiwa Mei 1998.
Sedang diterjemahkan, harap tunggu..