Kami metode memerlukan set data dar

Kami metode memerlukan set data dari situs Fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima diterbitkan datasets (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala besar analisis mengenai yeast Fosforilasi dan, khususnya, informasi pelokalan juga disajikan. Kami hanya digunakan di situs yang dilokalkan percobaan ini. The pelokalan terkendali berbeda di setiap laporan. Kami digunakan untuk menemukan cutoff nilai berikut: situs dengan Phospho (STY probabilitas) (32) 0.9; > Ascore (7,10, 33) > 13 atau PLScore (31) > 10. Fosforilasi situs stoichiometries yang langsung terhitung menurut rasio yang berat/cahaya H/L Peptida () - ((1 x 1/ratio) 100%). Nilai kurang dari 1% ditetapkan ke 1%.

Validasi dari situs stoichiometries menggunakan AQUA. Sepuluh pasangan berat phosphopeptides dan sesuai non-phosphopeptides adalah buatan menggantisatu sisa dengan versi (isotopically diperkaya [] sup.13 C dan sup.15 [] (N) Sel Signaling Teknologi). Sebuah dikenal jumlah phosphopeptides berat dan non-phosphopeptides yang dibubuhi ke dalam proteolyzed sampel. Selama non-phosphopeptide percobaan, proteolyzed lysates yang dipisahkan oleh HILIC menjadi 20 fractions. Dalam phosphopeptide selama percobaan, pemurnian menggunakan C18 SepPak kolom, yang adalah Peptida eluted menjadi lima fractions menggunakan berbagai konsentrasi dari acetonitrile dan diikuti oleh afinitas dari logam immobilized Kromatografi pengayaan phosphopeptides. Akhirnya, semua sampel dianalisis oleh sama LC-MS/MS teknik.

Sekunder struktur. The kemungkinan sekunder struktural lingkungan dan tingkat Gangguan diperkirakan untuk setiap Fosforilasi situs menggunakan VSL2 (ref. 34), yang memperkirakan probabilitas bahwa setiap Fosforilasi situs berada di suatu wilayah Gangguan tinggi. Mereka situs dengan gangguan probabilitas melebihi 0.5 diklasifikasikan sebagai '' disordered, sementara yang dengan probabilitas di bawah 0.5 tergolong memerintahkan ''.

Clustering dari phosphoproteins. Phosphoproteins yang dikelompokkan menjadi empat kelas menurut mereka tertinggi stoichiometry situs: yaitu, 0-10%, 10-30%, 30-75% dan 75-100%. The pengayaan analisis untuk Gene Ontology Gene Ontology (GO) proses biologis BP () dan kompartemen seluler (CC) tersebut dilaksanakan secara terpisah untuk tiap kelas menggunakan DAVID (36), dan phosphoproteins diidentifikasi oleh massa spectrometric proteomics metode yang digunakan sebagai belakang (7, 10, 31-33).

Kategori tanpa P nilai ditetapkan 1 dari nilai yang konservatif. The P nilai yang berubah karena fungsi x log.sub.10 - = [] (P), dan kemudian mereka z-transformed. Phosphoproteins itu kemudian dikelompokkan berdasarkan hierarki z-scores melalui pengelompokan (Jarak Euclides, Centroid Linkage) menggunakan Gene Cluster Gene Cluster 3.0.

Penghitungan prosedur evolusi konservasi. Seluruh genom urutan DNA untuk organisme yang tercantum dalam Supplementary Gambar 3 yang diambil dari AS Pusat Nasional untuk bioteknologi Informasi dan kemudian digunakan dalam Tblastn yang sesuai dengan pencarian Saccharomyces cerevisiae protein karena pertanyaan. Ini adalah perlu sebanyak dari organisme itu belum memiliki sepenuhnya annotated proteomes. Ini hasil pencarian tersebut kemudian dianalisis dengan menggunakan in-house-developed lunak untuk memeriksa sisa di posisi yang bersesuaian subject's protein yang berurutan untuk phosphorylated sisa dari S. cerevisiae protein. Sebagai perbandingan, atas saja yang cocok berurut dari setiap organisme yang dipilih dan ketika urutan tidak ditemukan konservasi yang ditunjuk sebagai homologous urutan' 'tidak ditemukan. Karena kita hanya terbatas untuk analisis genom jamur, perataan adalah mudah. Sebuah sisa dianggap conserved jika yang sesuai sisa posisi dalam urutan subject's adalah cocok sempurna dengan yang dari S. cerevisiae. Setelah prosedur ini dilakukan untuk setiap perataan, konservasi informasi yang dipartisi menjadi tiga kategori (asing [tinggi, lebih dari atau sama dengan 80%]; moderat, 20%; [rendah, kurang dari atau sama dengan 20%]) dan kemudian konservasi data untuk setiap kategori ini adalah tergugus Pearson menggunakan korelasi dan visualized menggunakan penampil MultiExperiment (http://www.tm4.org/mev/).

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Kami memerlukan Test set data dari situs Fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima diterbitkan dataset (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala besar analisis mengenai ragi Fosforilasi dan, khususnya, informasi pelokalan juga disajikan. Kami hanya ini digunakan dalan di situs yang dilokalkan percobaan ini. Pelokalan terkendali buah di tegaslah setiap. Kami ini digunakan dalan untuk menemukan cutoff nilai berikut: dengan situs Phospho (STY probabilitas) 0,9 (32); > Ascore (7,10, 33) > 13 atau PLScore (31) > 10. Fosforilasi situs stoichiometries yang langsung terhitung menurut rasio yang berat cahaya Peptida H L () - ((1 x 1 rasio) 100%). Nilai kurang dari 1% ditetapkan ke 1%.Validasi dari situs stoichiometries menggunakan AQUA. Sepuluh pasangan berat dapat dan sesuai dapat bebas adalah buatan menggantisatu sisa dengan versi (isotopically diperkaya [] sup.13 C dan sup.15 [] (N) Sel Signaling Teknologi). Membahas dikenal jumlah dapat berat dan dapat bebas yang dibubuhi ke dalam proteolyzed sampel. Selama percobaan bebas-phosphopeptide, proteolyzed lisat yang dipisahkan oleh HILIC menjadi 20 pecahan. Dalam phosphopeptide selama percobaan, pemurnian menggunakan kolom C18 SepPak, yang adalah Peptida eluted menjadi lima pecahan menggunakan berbagai macam konsentrasi dari asetonitril dan diikuti oleh afinitas dari logam bergerak Kromatografi pengayaan dapat. Akhirnya, semua sampel dianalisis oleh sama LC-MS/MS teknik.Struktur baja sekunder. Kemungkinan sekunder struktural lingkungan dan tingkat Gangguan diperkirakan untuk setiap Fosforilasi situs menggunakan VSL2 (ref. 34), yang memperkirakan probabilitas bahwa Fosforilasi setiap situs saat di suatu wilayah Gangguan tinggi. Mereka situs dengan gangguan probabilitas melebihi 0,5 diklasifikasikan sebagai '' teratur, sementara yang dengan probabilitas di bawah 0,5 tergolong memerintahkan ''.Pengelompokan dari phosphoproteins. Phosphoproteins yang dikelompokkan menjadi empat kelas menurut mereka tertinggi stoikiometri situs: berlaku, 0-10%, 10-30%, 30-75% dan 75-100%. Pengayaan analisis untuk gen ontologi gen ontologi (GO) proses biologis BP () dan kompartemen seluler (CC) tersebut dilaksanakan secara terpisah untuk tiap kelas menggunakan DAUD (36), dan phosphoproteins diidentifikasi oleh massa proteomik spectrometric metode yang ini digunakan dalan sebagai belakang (7, 10, 31-33).Kategori tanpa P nilai ditetapkan 1 dari nilai yang konservatif. P nilai yang berubah karena fungsi x log.sub.10 - = [] (P), dan kemudian terjadi mereka berubah z. Phosphoproteins itu kemudian terjadi dikelompokkan berdasarkan hierarki z-Skor melalui pengelompokan (Jarak Euclides, Centroid Linkage) menggunakan gen Cluster gen Cluster 3.0.Penghitungan prosedur evolusi konservasi. Seluruh genom urutan DNA untuk bisa yang tercantum dalam tambahan 3 Gambar yang diambil dari sebagai Pusat Nasional untuk Teknik Informasi dan kemudian terjadi ini digunakan dalan dalam Tblastn yang sesuai dengan pencarian Saccharomyces cerevisiae protein karena pertanyaan. Ini adalah tagline sebanyak dari bisa itu belum memiliki sepenuhnya annotated proteomes. Ini hasil pencarian tersebut kemudian terjadi dianalisis dengan menggunakan lunak dalam rumah-dikembangkan untuk memeriksa sisa di posisi yang bersesuaian subjek protein yang berurutan untuk phosphorylated sisa dari S. cerevisiae protein. Sebagai perbandingan, atas saja yang cocok berurut dari setiap bisa yang dipilih dan ketika urutan tidak ditemukan konservasi yang ditunjuk sebagai homolog urutan' ' tidak ditemukan. Karena kita hanya terbatas untuk analisis genom jamur, perataan adalah mudah. Membahas sisa dianggap kekal jika yang sesuai sisa posisi dalam urutan subjek adalah cocok sempurna dengan yang dari S. cerevisiae. Setelah prosedur ini dilakukan untuk setiap perataan, konservasi informasi yang dipartisi menjadi tiga kategori (asing [tinggi, lebih dari atau sama dengan 80%]; moderat, < 80%, > 20%; [rendah, kurang dari atau sama dengan 20%]) dan kemudian terjadi konservasi data untuk setiap kategori ini adalah tergugus Pearson menggunakan korelasi dan divisualisasikan penampil menggunakan MultiExperiment (http://www.tm4.org/mev/).

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

Kami Metode memerlukan data set Dari situs fosforilasi mengidentifikasi ODPs. Kami memakai lima Diterbitkan dataset (7, 10, 31-33). Masing-masing disajikan skala Anda gede Analisis Mengenai ragi fosforilasi Dan, khususnya, information pelokalan also disajikan. Kami Hanya digunakan di situs Yang dilokalkan Percobaan Penyanyi. The pelokalan terkendali BERBEDA di SETIAP Laporan. Kami digunakan untuk review menemukan cutoff Nilai berikut: situs DENGAN Phospho (Probabilitas STY) (32) 0,9; > Ascore (7,10, 33)> 13 ATAU PLScore (31)> 10. fosforilasi situs stoichiometries Yang Langsung terhitung * Menurut rasio Yang Berat / cahaya H / L Peptida () - ((1 x 1 / rasio) 100%). Nilai Kurang Dari 1% ditetapkan ke 1%.

Validasi Dari situs stoichiometries using AQUA. Sepuluh Pasangan Berat phosphopeptides Dan Sesuai non-phosphopeptides Adalah Buatan menggantisatu Sisa DENGAN versi (isotopically diperkaya [] sup.13 C Dan sup.15 [] (N) Sel Signaling Teknologi). SEBUAH dikenal phosphopeptides Jangka Waktu Berat Dan non-phosphopeptides Yang dibubuhi Ke hearts proteolyzed sampel. Selama Percobaan non-phosphopeptide, lysates proteolyzed Yang dipisahkan Oleh HILIC Menjadi 20 fraksi. Dalam phosphopeptide selama Percobaan, pemurnian using C18 SepPak Kolom, Yang Adalah Peptida dielusi Menjadi lima fraksi using different konsentrasi Dari asetonitril Dan diikuti Oleh afinitas Dari LOGAM bergerak Kromatografi pengayaan phosphopeptides. Akhirnya, SEMUA sampel dianalisis Oleh sama LC-MS / MS TEKNIK.

Sekunder Struktur. The kemungkinan sekunder Struktural Lingkungan Dan Tingkat Gangguan diperkirakan untuk review SETIAP fosforilasi situs using VSL2 (ref. 34), Yang memperkirakan Probabilitas bahwa SETIAP fosforilasi situs berada di Suatu wilâyah Gangguan Tinggi. Mereka situs DENGAN Gangguan Probabilitas melebihi 0,5 diklasifikasikan sebagai '' teratur, SEMENTARA Yang DENGAN Probabilitas Di Bawah 0,5 tergolong memerintahkan ''.

Clustering phosphoproteins Dari. Phosphoproteins Yang dikelompokkan Menjadi empat dalam Kelas * Menurut mereka tertinggi stoikiometri situs: Yaitu, 0-10%, 10-30%, 30-75% dan 75-100%. The pengayaan analisis untuk review Gene Ontologi Gene Ontology (GO) Proses biologis BP () Dan kompartemen seluler (CC) tersebut dilaksanakan Beroperasi terpisah untuk review tiap Kelas using DAVID (36), Dan phosphoproteins diidentifikasi Oleh massa proteomik spektrometri Metode Yang digunakan sebagai Belakang (7, 10, 31-33).

Kategori Tanpa P Nilai ditetapkan 1 Dari Nilai Yang Konservatif. P Nilai Yang Berubah KARENA fungsi fungsi x log.sub.10 - = [] (P), Dan kemudian mereka z-berubah. Phosphoproteins ITU kemudian dikelompokkan berdasarkan hierarki z-skor through pengelompokan (Jarak Euclides, Linkage Centroid) using Gene Cluster Gene Cluster 3.0.

Penghitungan Prosedur Evolusi Konservasi. Seluruh genom Urutan DNA untuk review biota Yang tercantum hearts Tambahan Gambar 3 Yang diambil Dari AS Pusat Nasional untuk review bioteknologi Informasi dan kemudian digunakan hearts Tblastn Yang Sesuai DENGAN pencarian Saccharomyces cerevisiae Pertanyaan protein KARENA. Penyanyi Adalah Perlu sebanyak Dari biota ITU Belum memiliki sepenuhnya dijelaskan proteomes. Penyanyi Hasil Pencarian tersebut kemudian dianalisis DENGAN using in-house-dikembangkan Lunak untuk review memeriksa Sisa di POSISI Yang bersesuaian subjek protein Yang berurutan untuk review terfosforilasi Sisa Dari S. protein cerevisiae. Sebagai PERBANDINGAN, differences Saja Yang Cocok berurut Dari SETIAP biota Yang dipilih Dan ketika Urutan tidak ditemukan Konservasi Yang ditunjuk sebagai homolog Urutan '' tidak ditemukan. KARENA kitd Hanya Terbatas untuk review analisis genom jamur, perataan Adalah Mudah. SEBUAH Sisa dianggap dilestarikan JIKA Yang Sesuai Sisa POSISI hearts Urutan Adalah subjek Cocok Sempurna DENGAN Yang Dari S. cerevisiae. Penghasilan kena pajak Prosedur Penyanyi dilakukan untuk review SETIAP perataan, Konservasi information Yang dipartisi Menjadi Tiga kategori (Asing [Tinggi, Lebih Dari ATAU sama DENGAN 80%]; moderat, <80%,> 20%; [randah, Kurang Dari ATAU sama DENGAN 20%] ) Dan kemudian Konservasi Data untuk review SETIAP kategori Penyanyi Adalah tergugus Pearson using Korelasi Dan divisualisasikan using penampil MultiExperiment (http://www.tm4.org/mev/).