Sebuah skala besar metode untuk men

Sebuah skala besar metode untuk mengukur absolut protein Fosforilasi stoichiometrics
Ronghu Wu, Wilhelm Haas, Noah Dephoure, Edward L. Huttlin, Bo Zhai and Mathew E. Sowa
Nature Methods. 8.8 (Aug. 2011): p677. From InfoTrac Arts Collection 2017.
DOI: http://dx.doi.org/10.1038/NMETH.1636
Copyright: COPYRIGHT 2011 Nature Publishing Group
http://www.nature.com/nmeth/index.html
Abstraksi:

The fungsional peran protein Fosforilasi dipengaruhi oleh para stoichiometry fraksional. Dengan demikian, strategi yang komprehensif untuk mempelajari Fosforilasi dinamika harus memasukkan penilaian dari situs stoichiometry. Di sini kita laporan terpadu metode yang mengandalkan fosfatase perlakuan dan stable-isotope melabelkan untuk menentukan absolut stoichiometries protein Fosforilasi dalam skala besar. Pendekatan ini memerlukan ukuran yang hanya satu rasio terkait phosphatase-treated dan mock-treated sampel. menggunakan strategi ini kita stoichiometries ditentukan untuk Fosforilasi 5,033 situs dalam buku analisis dari Saccharomyces cerevisiae tumbuh sepanjang mid-log tahap. Kami divalidasi stoichiometries sepuluh yang diwakili di situs yang penuh rentang nilai diperoleh sintetis menggunakan phosphopeptides dan perjanjian yang ditemukan. bioinformatics, kami menggunakan mencirikan kelompok biologis properti terkait dengan Fosforilasi jauh berbeda dengan situs stoichiometries absolut.
Teks Penuh:

bolak-balik protein Fosforilasi memiliki peranan yang penting dalam sistem biologis dan terlibat dalam hampir setiap fungsi seluler. Massa spectrometry-based proteomics dapat digunakan untuk secara global anggap ini luas post-translational modifikasi dan telah banyak meninjau (). 1-3 Kombinasi dengan stable-isotope melabelkan, massa spectrometry-based proteomics telah menghasilkan datasets dengan skala besar kuantifikasi dari Fosforilasi perubahan antara sel negara (1, 4, 5). Saat ini memberikan sebuah skala perbandingan informatif tampilan protein-phosphorylation lanskap (1), 6-9. Namun, biologis mereka penafsiran itu rumit. Jika perbedaan protein kelimpahan ini, perubahan dalam perkembangan sebuah situs Fosforilasi mengakibatkan dikenal relatif stoichiometry mengubah (10), tetapi perubahan absolut fraksional asing tetap tak diketahui. Sebagai contoh, twofold downregulation dari situs stoichiometry dapat hasil dari masing-masing fraksional dihuni perubahan dari 0.2% hingga 0.1% atau 100% hingga 50%, yang kemungkinan mewakili pada dasarnya berbeda seluler strategi. Oleh karena itu, muncul penting untuk menilai Fosforilasi absolut situs asing pada skala proteome dengan benar dan memahami fungsional secara komprehensif yang penting.

Conventionally, biokimia metode, seperti barat, lap telah digunakan untuk mengukur stoichiometry phosphorylation. Phosphopro teins dan non-phosphoproteins dipisahkan fisik melalui sodium lauryl sulfate polyacrylamide Elektroforesis gel, dan mereka jumlah diperkirakan menggunakan antibodi (11, 12). Metode ini memakan waktu dan memerlukan phosphorylation-induced migrasi perbedaan dalam gel. Fosforilasi protein stoichiometry juga dapat diukur oleh massa Gas-Spektrometri (9, 13, 14). Misalnya, label-free menggunakan pendekatan, stoichiometry dapat diukur dari rasioPDB ion sinyal dari phosphopeptides dan yang sesuai non-phosphopeptides 14-17 (). Sebuah asumsi dari metode ini adalah bahwa perbedaan ionization dan pendeteksian efisiensi yang peptide's phosphorylated dan nonphosphorylated formulir dapat diabaikan. Untuk mengatasi ini shortcoming, yang terakhir dilaporkan metode (18) telah digunakan untuk menentukan tanggapan rasioPDB phosphopeptides dan non-phosphopeptides sintetis menggunakan peptide standar, dan untuk mengukur stoichiometries dari dua tyrosine tampak masih memiliki sisa di Lyn protein.

massa spectrometry-based metode lain, mengistilahkan kuantifikasi absolut (AQUA) (13), didasarkan pada stable-isotope dilution. Berat versi phosphorylated dan non-phosphorylated Peptida adalah buatan dan dibubuhi ke dalam jumlah sampel di dikenal sebagai internal standar. The Fosforilasi stoichiometry dapat diperoleh dengan mengukur dan membandingkan absolut yang melimpah setiap peptide's phosphorylated dan nonphosphorylated formulir. Khususnya, menggunakan metode ini, kami telah menunjukkan bahwa Ser1526 dari manusia separase dipertahankan pada posisi dihuni sampai metaphase-to-anaphase transisi ketika sebagian dephosphorylated dan diaktifkan, sehingga pembebasan terikat saudara chromatids. Mengetahui yang stoichiometry dari Ser1526 di seluruh siklus sel terbukti penting untuk memahami khusus yang mitotic fungsi (19). Selain separase, metode ini telah beradaptasi untuk mengukur asing di Akt (20).

elegan strategi lain telah dilaporkan untuk mengukur Fosforilasi stoichiometry oleh massa Gas-Spektrometri (21). Fosfatase perawatan telah digunakan jika dikombinasikan dengan spesifik dan diferensial melabelkan dari N termini semua Peptida dalam sebuah sampel dengan satu atau D.sub.5 [] [-] D.sub.0 propionyl grup

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Membahas skala besar metode untuk mengukur absolut protein Fosforilasi stoichiometricsRonghu Wu, Wilhelm Haas, Noah Dephoure, Edward L. Huttlin, Bo Zhai dan Mathew E. SowaMetode alam. 8.8 (Aug. 2011): p677. Dari InfoTrac seni koleksi 2017.DOI: http://dx.doi.org/10.1038/NMETH.1636Copyright: Hak cipta 2011 Investigatorhttp://www.Nature.com/nmeth/index.htmlAbstraksi: Fungsional peran protein Fosforilasi dipengaruhi oleh para stoikiometri fraksional. Dengan demikian, strategi yang komprehensif untuk mempelajari Fosforilasi dinamika harus memasukkan penilaian dari situs stoikiometri. Di sini kita akan terpadu metode yang mengandalkan fosfatase perlakuan dan melabelkan isotop stabil untuk menentukan absolut stoichiometries protein Fosforilasi dalam skala besar. Pendekatan ini memerlukan ukuran yang hanya satu rasio terkait diperlakukan fosfatase dan diperlakukan mock-sampel. menggunakan strategi ini kita stoichiometries ditentukan untuk Fosforilasi 5,033 situs dalam buku analisis dari Saccharomyces cerevisiae tumbuh sepanjang pertengahan log tahap. Kami divalidasi stoichiometries sepuluh yang diwakili di situs yang penuh rentang nilai diperoleh sintetis menggunakan dapat dan perjanjian yang ditemukan. Bioinformatika, kami menggunakan mencirikan kelompok biologis properti terkait dengan Fosforilasi jauh buah dengan situs stoichiometries absolut.Teks Penuh: bolak-balik protein Fosforilasi memiliki peranan yang penting dalam sistem biologis dan terlibat dalam hampir setiap fungsi seluler. Massa berbasis spektrometri proteomik dapat ini digunakan dalan untuk secara global anggap ini luas post-translational modifikasi dan tlah banyak merisik (). 1-3 Kombinasi dengan isotop stabil melabelkan, massa berbasis spektrometri proteomik tlah menghasilkan dataset dengan skala besar kuantifikasi dari Fosforilasi perubahan antara sel negara (1, 4, 5). Saat ini memberikan membahas skala perbandingan informatif tampilan fosforilasi protein lanskap (1), 6-9. Namun, biologis mereka penafsiran itu rumit. Jika perbedaan protein kelimpahan ini, perubahan dalam perkembangan membahas situs Fosforilasi mengakibatkan dikenal relatif stoikiometri mengubah (10), tetapi perubahan absolut fraksional asing tetap tak diketahui. Sebagai contoh, dua downregulation dari situs stoikiometri dapat hasil dari masing-masing fraksional dihuni perubahan dari 0,2% hingga 0,1% atau 100% hingga 50%, yang kemungkinan mewakili pada dasarnya buah seluler strategi. Oleh karena itu, muncul penting untuk menilai Fosforilasi absolut situs asing pada skala proteome dengan menu dan memahami fungsional secara komprehensif yang penting.Secara konvensional, biokimia Test, barat clasik, putaran tlah ini digunakan dalan untuk mengukur stoikiometri fosforilasi. Phosphopro teins dan bebas-phosphoproteins dipisahkan fisik melalui natrium lauril sulfat polyacrylamide Elektroforesis gel, dan mereka yang jumlah diperkirakan menggunakan antibodi (11, 12). Metode ini memakan waktu dan memerlukan diinduksi fosforilasi migrasi perbedaan dalam gel. Fosforilasi protein stoikiometri juga dapat diukur oleh massa Gas-Spektrometri (9, 13, 14). Misalnya, bebas label menggunakan pendekatan (stoikiometri dapat diukur dari rasioPDB ion Ligt dari dapat dan yang sesuai dapat bebas 14-17). Membahas asumsi dari metode ini adalah bahwa perbedaan ionisasi dan pendeteksian efisiensi yang peptida yang phosphorylated dan nonphosphorylated formulir dapat diabaikan. Untuk disebabkannya ini kekurangan, yang terakhir dilaporkan Test (18) tlah ini digunakan dalan untuk menentukan tanggapan rasioPDB dapat dan bebas-dapat sintetis menggunakan peptida standar, dan untuk mengukur stoichiometries dari dua tirosin tampak masih memiliki sisa di Lyn protein.metode berbasis spektrometri massa diletakan, mengistilahkan kuantifikasi absolut (AQUA) (13), didasarkan pada isotop stabil pengenceran. Berat versi phosphorylated dan phosphorylated bebas Peptida adalah buatan dan dibubuhi ke dalam jumlah sampel di dikenal sebagai internal standar. Fosforilasi stoikiometri dapat diperoleh dengan mengukur dan membandingkan absolut yang melimpah setiap peptida yang phosphorylated dan nonphosphorylated formulir. Khususnya, menggunakan metode ini, kami tlah menunjukkan bahwa Ser1526 dari manusia separase dipertahankan pada posisi dihuni dana metaphase-untuk-anaphase transisi ketika sebagian dephosphorylated dan diaktifkan, sehingga disini terikat saudara chromatids. Mengetahui yang stoikiometri dari Ser1526 di seluruh siklus sel terbukti penting untuk memahami khusus yang mitosis fungsi (19). Selain itu separase, metode ini tlah beradaptasi untuk mengukur asing di Akt (20).elegan strategi lain tlah dilaporkan untuk mengukur Fosforilasi stoikiometri oleh massa Gas-Spektrometri (21). Fosfatase perawatan tlah ini digunakan dalan jika dikombinasikan dengan spesifik dan diferensial melabelkan dari N termini Rukan Peptida dalam membahas sampel dengan satu atau D.sub.5 [] [-] D.sub.0 propionyl grup

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

SEBUAH Skala gede Metode untuk review mengukur absolut protein fosforilasi stoichiometrics
Ronghu Wu, Wilhelm Haas, Noah Dephoure, Edward L. Huttlin, Bo Zhai dan Mathew E. Sowa
Metode Alam. 8.8 (Agustus 2011): p677. Dari InfoTrac Arts Collection 2017.
DOI: http://dx.doi.org/10.1038/NMETH.1636
Copyright: HAK CIPTA 2011 Sifat Publishing Group
http://www.nature.com/nmeth/index.html
Abstraksi:

The Fungsional Peran protein fosforilasi dipengaruhi Oleh para stoikiometri fraksional. Mencari Google Artikel demikian, Pengembangan strategi Yang komprehensif untuk review mempelajari fosforilasi Dinamika Harus memasukkan PENILAIAN Dari situs stoikiometri. Here kitd Laporan terpadu Metode Yang mengandalkan fosfatase perlakuan Dan-isotop stabil melabelkan untuk review menentukan absolut stoichiometries protein fosforilasi hearts skala Anda gede. Pendekatan Penyanyi memerlukan ukuran Yang Hanya Satu rasio Berlangganan fosfatase-diperlakukan Dan mock-diperlakukan sampel. using Pengembangan strategi Penyanyi kitd stoichiometries ditentukan untuk review fosforilasi 5033 situs hearts buku analisis Dari Saccharomyces cerevisiae Tumbuh Sepanjang pertengahan log Tahap. Kami divalidasi stoichiometries Sepuluh Yang diwakili di situs Yang Penuh Rentang Nilai TIMAH sintetis using phosphopeptides Dan perjanjian Yang ditemukan. bioinformatika, kami using mencirikan Kelompok biologis Properti Berlangganan DENGAN fosforilasi JAUH BERBEDA DENGAN situs stoichiometries absolut.
Teks Penuh:

Bolak-balik protein fosforilasi memiliki Peranan Yang Penting hearts Sistem biologis Dan terlibat hearts hampir SETIAP fungsi fungsi seluler. Proteomik berbasis spektrometri massa can be digunakan untuk review Beroperasi global yang anggap Penyanyi Luas modifikasi pasca-translasi Dan has Banyak meninjau (). 1-3 Kombinasi DENGAN melabelkan-isotop stabil, massa berbasis spektrometri proteomik has dataset menghasilkan DENGAN skala Anda gede kuantifikasi Dari fosforilasi perubahan ANTARA sel gatra (1, 4, 5). Saat Penyanyi memberikan SEBUAH skala Anda PERBANDINGAN Informatif tampilan protein-fosforilasi lanskap (1), 6-9. Namun, biologis mereka penafsiran ITU rumit. JIKA Perbedaan protein Penyanyi kelimpahan, perubahan hearts Perkembangan SEBUAH situs fosforilasi mengakibatkan dikenal Relatif stoikiometri mengubah (10), tetapi perubahan absolut fraksional Asing Tetap tak diketahui. Sebagai contoh, dua kali lipat downregulation Dari situs stoikiometri can be hasil temuan Dari masing-masing fraksional dihuni perubahan Dari 0,2% Hingga 0,1% ATAU 100% Hingga 50%, Yang kemungkinan mewakili PADA dasarnya BERBEDA seluler Pengembangan strategi. Oleh KARENA ITU, Muncul Penting untuk review menilai fosforilasi absolut situs Asing PADA skala Anda proteoma DENGAN Benar Dan Memahami Fungsional Beroperasi komprehensif Yang Penting.

Secara konvensional, Biokimia Metode, seperti barat, lap has digunakan untuk review mengukur stoikiometri fosforilasi. Phosphopro teins Dan non-phosphoproteins dipisahkan Fisik through sodium lauryl sulfate poliakrilamida elektroforesis gel, Dan mereka Jangka Waktu diperkirakan using Antibodi (11, 12). Metode Penyanyi memakan Waktu Dan memerlukan fosforilasi diinduksi Migrasi Perbedaan hearts gel. Fosforilasi protein stoikiometri also can be diukur Oleh massa Gas-Spektrometri (9, 13, 14). Such as inviting participation, label bebas pendekatan using, stoikiometri can be diukur Dari rasioPDB ion sinyal Dari phosphopeptides Dan Yang Sesuai non-phosphopeptides 14-17 (). SEBUAH asumsi Dari Metode Penyanyi Adalah bahwa Perbedaan ionisasi Dan pendeteksian Efisiensi Yang peptida ini terfosforilasi Dan nonphosphorylated Formulir can be diabaikan. Untuk review Mengatasi kekurangan Penyanyi, Yang terakhir di dilaporkan Metode (18) has digunakan untuk review menentukan tanggapan rasioPDB phosphopeptides Dan non-phosphopeptides sintetis using peptida standar, protein Dan untuk review mengukur stoichiometries Dari doa tirosin Tampak Masih memiliki Sisa di Lyn.

Massa berbasis spektrometri Metode berbaring, mengistilahkan kuantifikasi absolut (AQUA) (13), didasarkan PADA dilusi-isotop stabil. Berat versi terfosforilasi Dan non-terfosforilasi Peptida Adalah Buatan Dan dibubuhi Ke hearts Jangka Waktu sampel di dikenal sebagai standar internal. The fosforilasi stoikiometri can be TIMAH DENGAN mengukur Dan membandingkan absolut Yang Melimpah peptida SETIAP ini terfosforilasi Dan nonphosphorylated Formulir. Khususnya, using Metode Penyanyi, kami has menunjukkan bahwa Ser1526 Dari Manusia separase dipertahankan PADA POSISI dihuni Sampai metafase-ke-anafase Transisi ketika sebagian dephosphorylated Dan diaktifkan, sehingga Pembebasan Terikat Saudara kromatid. Mengetahui Yang stoikiometri Dari Ser1526 di Seluruh SIKLUS sel Terbukti Penting untuk review Memahami KHUSUS Yang mitosis fungsi fungsi (19). Selain separase, Metode Penyanyi has beradaptasi untuk review mengukur Asing di Akt (20).

Elegan Pengembangan strategi berbaring has dilaporkan untuk review mengukur fosforilasi stoikiometri Oleh massa Gas-Spektrometri (21). Fosfatase Perawatan has digunakan JIKA dikombinasikan DENGAN Spesifik Dan Diferensial melabelkan Dari N termini SEMUA Peptida hearts SEBUAH sampel DENGAN Satu ATAU D.sub.5 [] [-] D.sub.0 propionil grup