In this study, we investigated 149

In this study, we investigated 149 human livers surgically removed from Caucasian donors to identify statistically significant associations between genetic polymorphisms and mRNA expression levels at a genome-wide scale. Although our study was similar in design and technology to the former study, (16) the set of human liver samples had no overlap and differed in many aspects including ethnicity, sampling procedures, availability and completeness of clinical data. We focus in this paper on genes involved in absorption, distribution, metabolism and excretion (ADME) of drugs to allow for more detailed analyses, which resulted in a smaller set (~20%) of truly replicated eQTLs and a larger set (~ 80%) of unique eQTLs. This demonstrated that the genetical genomics approach is useful to identify novel genotype-phenotype relationships, and that a single study is insufficient to uncover all existing eQTLs in a given tissue.
Materials and methods
Liver samples
Liver tissues and corresponding blood samples were previously collected from 150 patients of Caucasian ethnicity (71 males and 79 females) undergoing liver surgery at the Campus Virchow (University Medical Center Charite, Humboldt University, Berlin, Germany). The average age of the subjects was 58 [+ or -] 14 years. This study was approved by the ethics committees of the medical faculties of the Charite, Humboldt University, and of the University of Tuebingen and conducted in accordance with the Declaration of Helsinki. All tissue samples were examined by a pathologist and only histologically non-tumorous tissues were used. Clinical patient documentation available for all samples and shown to have significant influence on the analysis included age, sex, medical diagnosis (primary or secondary liver tumor, other diagnosis), presurgical medication (regular drug treatment before surgery vs no drugs), cholestatic liver injury (based on liver function tests (22)) and alcohol drinking and smoking habits. Patients with hepatitis, cirrhosis or chronic alcohol use were excluded. Detailed information on sample metadata is given in Supplementary Table S1.
Transcriptome analysis and genome-wide genotyping
RNA isolation from liver tissues was performed using Trizol (Invitrogen, Paisley, UK) extraction and Qiagen RNeasy-mini kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) with oncolumn DNase treatment as described previously. (23) Only high-quality RNA preparations according to Agilent Bioanalyzer (Nano-Lab Chip Kit, Agilent Technologies, Waldbronn, Germany) RNA Integrity Number (RIN) assignment (> 7) were used in this study. In all, 200 ng of total RNA was amplified and labeled using the Illumina TotalPrep RNA amplification kit

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Dalam studi ini, kita menyelidiki hati manusia 149 pembedahan dari Kaukasia donor untuk mengidentifikasi signifikan secara statistik Asosiasi antara polimorfisme genetik dan tingkat ekspresi mRNA pada skala genom-lebar. Meskipun penelitian kami dalam desain dan teknologi mirip dengan studi mantan, (16) serangkaian contoh hati manusia telah tidak tumpang tindih dan berbeda dalam banyak aspek, termasuk etnis, prosedur sampling, ketersediaan dan kelengkapan data klinis. Kami fokus dalam tulisan ini pada gen yang terlibat dalam penyerapan, distribusi, metabolisme dan ekskresi (ADME) obat untuk memungkinkan untuk lebih rinci analisis, yang menghasilkan set yang lebih kecil (~ 20%) benar-benar direplikasi eQTLs dan set yang lebih besar (~ 80%) dari eQTLs yang unik. Ini menunjukkan bahwa pendekatan genetical genomics yang berguna untuk mengidentifikasi hubungan genotipe-fenotipe novel, dan bahwa penelitian tidak mencukupi untuk mengungkap semua eQTLs yang ada di jaringan tertentu.
bahan dan metode
hati sampel
Jaringan hati dan sesuai sampel darah sebelumnya dikumpulkan dari 150 pasien Kaukasia etnis (71 laki-laki dan perempuan 79) mengalami hati operasi di kampus Virchow (University Medical Center Charite, Universitas Humboldt, Berlin, Jerman). Usia rata-rata subyek adalah 58 [atau -] 14 tahun. Studi ini disetujui oleh Komite etika dari Fakultas Kedokteran Charite, Universitas Humboldt, dan Universitas Surabaya dan dilakukan sesuai dengan deklarasi Helsinki. Semua sampel jaringan Diperiksa oleh ahli patologi dan jaringan hanya secara histologis bebas-tumorous digunakan. Klinis pasien dokumentasi tersedia untuk semua sampel dan ditunjukkan untuk memiliki pengaruh signifikan pada analisis termasuk usia, seks, diagnosa medis (tumor hati primer atau sekunder, diagnosis lainnya), defisiensi obat (biasa obat pengobatan sebelum operasi vs ada obat), cholestatic luka hati (berdasarkan tes fungsi hati (22)) dan alkohol minum dan Merokok kebiasaan. Pasien dengan hepatitis, sirosis atau penggunaan alkohol yang kronik tidak dilibatkan. Informasi rinci mengenai metadata contoh diberikan dalam tabel tambahan S1.
Transcriptome analisis dan seluruh genom genotipe
RNA isolasi dari jaringan hati ini dilakukan dengan menggunakan Trizol (Invitrogen, Paisley, Inggris) ekstraksi dan Qiagen RNeasy-mini kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) dengan oncolumn DNase perawatan seperti yang dijelaskan sebelumnya. (23) hanya kualitas tinggi RNA persiapan menurut tugas Agilent Bioanalyzer (Nano-Lab Chip Kit, Agilent Technologies, Eschborn, Jerman) RNA integritas Number (RIN) (mengatakan 7) yang digunakan dalam penelitian ini. Dalam semua, 200 ng total RNA diperkuat dan label menggunakan Illumina TotalPrep RNA amplifikasi kit

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

Dalam studi ini, kami meneliti 149 hati manusia pembedahan dari donor Kaukasia untuk mengidentifikasi hubungan yang signifikan secara statistik antara polimorfisme genetik dan tingkat ekspresi mRNA pada skala genome. Walaupun penelitian kami adalah serupa pada desain dan teknologi untuk mantan studi, (16) himpunan sampel hati manusia tidak tumpang tindih dan berbeda dalam banyak aspek termasuk etnis, prosedur sampling, ketersediaan dan kelengkapan data klinis. Kami fokus dalam makalah ini pada gen yang terlibat dalam penyerapan, distribusi, metabolisme dan ekskresi (ADME) obat untuk memungkinkan analisis yang lebih rinci, yang mengakibatkan satu set yang lebih kecil (~ 20%) dari eQTLs benar-benar direplikasi dan satu set yang lebih besar (~ 80 %) dari eQTLs unik. Ini menunjukkan bahwa pendekatan genomik genetik berguna untuk mengidentifikasi hubungan genotipe-fenotip baru, dan bahwa studi tunggal tidak cukup untuk mengungkap semua eQTLs yang ada di suatu jaringan tertentu.
Bahan dan metode
sampel Hati
jaringan hati dan sesuai sampel darah sebelumnya dikumpulkan dari 150 pasien etnis Kaukasia (71 laki-laki dan 79 perempuan) menjalani operasi liver di Kampus Virchow (Charite University Medical Center, Humboldt University, Berlin, Jerman). Usia rata-rata mata pelajaran adalah 58 [+ atau -] 14 tahun. Penelitian ini disetujui oleh komite etika dari fakultas medis dari Charite, Humboldt University, dan University of Tuebingen dan dilakukan sesuai dengan Deklarasi Helsinki. Semua sampel jaringan diperiksa oleh ahli patologi dan hanya histologis non-tumorous jaringan yang digunakan. Dokumentasi klinis pasien tersedia untuk semua sampel dan terbukti memiliki pengaruh yang signifikan terhadap analisis termasuk usia, jenis kelamin, diagnosis medis (tumor hati primer atau sekunder, diagnosis lain), obat presurgical (terapi obat rutin sebelum operasi vs tidak ada obat-obatan), kerusakan hati kolestatik (berdasarkan tes fungsi hati (22)) dan minum alkohol dan kebiasaan merokok. Pasien dengan hepatitis, sirosis atau penggunaan alkohol kronis dikeluarkan. Informasi lengkap mengenai sample metadata diberikan dalam Tambahan Tabel S1.
analisis Transkriptome dan genome-wide genotip
isolasi RNA dari jaringan hati dilakukan dengan menggunakan Trizol (Invitrogen, Paisley, Inggris) ekstraksi dan Qiagen RNeasy mini kit (Qiagen, Valencia, CA, USA ) dengan perlakuan DNase oncolumn seperti yang dijelaskan sebelumnya. (23) Hanya persiapan berkualitas tinggi RNA menurut Agilent Bioanalyzer (Nano-Chip Lab Kit, Agilent Technologies, Waldbronn, Jerman) RNA Integrity Number (RIN) tugas (> 7) yang digunakan dalam penelitian ini. Secara keseluruhan, 200 ng RNA total diamplifikasi dan diberi label menggunakan Illumina TotalPrep amplifikasi RNA kit