Homology forms the basis of organiz

Homology forms the basis of organization for comparative biology. A homologous trait is often called a homolog (also spelled homologue). In genetics, the term "homolog" is used both to refer to a homologous protein and to the gene (DNA sequence) encoding it. As with anatomical structures, homology between protein or DNA sequences is defined in terms of shared ancestry. Two segments of DNA can have shared ancestry because of either a speciation event (orthologs) or a duplication event (paralogs). Homology among proteins or DNA is often incorrectly concluded on the basis of sequence similarity . The terms "percent homology" and "sequence similarity" are often used interchangeably. As with anatomical structures, high sequence similarity might occur because of convergent evolution, or, as with shorter sequences, because of chance. Such sequences are similar, but not homologous. Sequence regions that are homologous are also called conserved. This is not to be confused with conservation in amino acid sequences in which the amino acid at a specific position has been substituted with a different one with functionally equivalent physicochemical properties. One can, however, refer to partial homology where a fraction of the sequences compared (are presumed to) share descent, while the rest does not. For example, partial homology may result from a gene fusion event.
Example of Homologous DNA

This is the sequence alignment of a homologous protein from two different species The "*" represent a conserved amino acid in the two proteins.

Homologous sequences are orthologous if they were separated by a speciation event: when a species diverges into two separate species, the copies of a single gene in the two resulting species are said to be orthologous. Orthologs, or orthologous genes, are genes in different species that originated by vertical descent from a single gene of the last common ancestor. For instance, the plant Flu regulatory protein is present both in Arabidopsis (multicellular higher plant) and Chlamydomonas (single cell green algae). The Chlamydomonas version is more complex: it crosses the membrane twice rather than once, contains additional domains, and undergoes alternative splicing. However, it can fully substitute the much simpler Arabidopsis protein, if transferred from algae to plant genome by means of gene engineering. Significant sequence similarity and shared functional domains indicate that these two genes are orthologous genes, inherited from the shared ancestor. Orthologous sequences provide useful information in taxonomic classification and phylogenetic studies of organisms. The pattern of genetic divergence can be used to trace the relatedness of organisms. Two organisms that are very closely related are likely to display very similar DNA sequences between two orthologs. Conversely, an organism that is further removed evolutionarily from another organism is likely to display a greater divergence in the sequence of the orthologs being studied.

Homologous sequences are paralogous if they were separated by a gene duplication event: if a gene in an organism is duplicated to occupy two different positions in the same genome, then the two copies are paralogous. Paralogous genes often belong to the same species, but this is not necessary. For example, the hemoglobin gene of humans and the myoglobin gene of chimpanzees are paralogs. Paralogs can be split into in-paralogs (paralogous pairs that arose after a speciation event) and out-paralogs (paralogous pairs that arose before a speciation event). Between species out-paralogs are pairs of paralogs that exist between two organisms due to duplication before speciation. Within species out-paralogs are pairs of paralogs that exist in the same organism, but whose duplication event happened after speciation. Paralogs typically have the same or similar function, but sometimes do not. Due to lack of the original selective pressure upon one copy of the duplicated gene, this copy is free to mutate and acquire new functions. Paralogous sequences provide useful insight into the way genomes evolve. The genes encoding myoglobin and hemoglobin are considered to be ancient paralogs. Similarly, the four known classes of hemoglobins (hemoglobin A, hemoglobin A2, hemoglobin B, and hemoglobin F) are paralogs of each other. While each of these proteins serves the same basic function of oxygen transport, they have already diverged slightly in function: fetal hemoglobin (hemoglobin F) has a higher affinity for oxygen than adult hemoglobin. However, function is not always conserved. Human angiogenin diverged from ribonuclease, for example, and while the two paralogs remain similar in tertiary structure, their functions within the cell are now quite different.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Homologi ini membentuk dasar dari organisasi untuk perbandingan biologi. Ciri yang homolog sering disebut homolog (juga dieja homologue). Dalam genetika, istilah "homolog" digunakan kedua-duanya merujuk homolog protein dan gen (DNA urutan) re-encoding. Sebagaimana dengan struktur anatomi, Homologi antara protein atau sekuensi DNA didefinisikan dalam hal bersama keturunan. Dua segmen DNA dapat memiliki bersama keturunan karena acara spesiasi (orthologs) atau acara duplikasi (paralogs). Homologi antara protein atau DNA sering salah menyimpulkan berdasarkan kemiripan urutan. Istilah "persen Homologi" dan "urutan kesamaan" sering digunakan secara bergantian. Sebagaimana dengan struktur anatomi, kemiripan urutan tinggi mungkin terjadi karena evolusi konvergen, atau, seperti dengan urutan yang lebih pendek, karena kesempatan. Urutan tersebut serupa, tetapi tidak homolog. Daerah urutan yang homolog juga disebut dilestarikan. Hal ini tidak menjadi bingung dengan konservasi di urutan asam amino yang asam amino pada posisi tertentu telah digantikan dengan orang yang berbeda dengan sifat secara fisikokimia fungsional setara. Satu bisa, bagaimanapun, merujuk kepada parsial Homologi mana sebagian kecil dari urutan dibandingkan (yang diduga) berbagi keturunan, sementara yang lain tidak. Sebagai contoh, sebagian Homologi mungkin hasil dari acara fusi gen.Contoh DNA homologIni adalah keselarasan urutan protein homolog dari dua spesies yang berbeda "*" mewakili asam amino dilestarikan di dua protein.Homolog urutan yang orthologous jika mereka dipisahkan oleh sebuah peristiwa spesiasi: ketika spesies yang ada ke dua spesies terpisah, salinan gen tunggal dalam dua spesies dihasilkan dikatakan orthologous. Orthologs, atau orthologous gen, adalah gen dalam spesies yang berbeda yang berasal oleh keturunan vertikal dari gen tunggal dari usul. Sebagai contoh, tanaman Flu peraturan protein ini hadir di Arabidopsis (multiseluler tinggi tanaman) dan Chlamydomonas (sel tunggal ganggang hijau). Versi Chlamydomonas lebih kompleks: itu melintasi membran dua kali lebih dari sekali, berisi domain tambahan, dan mengalami penyambungan alternatif. Namun, itu dapat sepenuhnya menggantikan banyak sederhana Arabidopsis protein, jika ditransfer dari ganggang untuk menanam genom melalui gen teknik. Kemiripan urutan signifikan dan domain bersama fungsional menunjukkan bahwa gen ini dua orthologous gen, yang diwarisi dari nenek moyang bersama. Urutan Orthologous memberikan informasi yang berguna taksonomi klasifikasi dan studi-studi filogenetik organisme. Pola divergensi genetis dapat digunakan untuk melacak keterkaitan organisme. Dua organisme yang sangat erat terkait cenderung menampilkan sangat mirip sekuensi DNA antara dua orthologs. Sebaliknya, suatu organisme yang lebih lanjut dihapus evolusioner dari organisme lain kemungkinan untuk menampilkan sebuah perbedaan besar dalam urutan orthologs yang sedang dipelajari.Homolog urutan paralogous jika mereka dipisahkan oleh acara duplikasi gen: jika gen pada suatu organisme diduplikasi untuk menduduki posisi dua yang berbeda dalam genom sama, maka dua salinan paralogous. Paralogous gen sering milik spesies yang sama, tetapi hal ini tidak diperlukan. Sebagai contoh, gen hemoglobin manusia dan gen Mioglobin dari simpanse adalah paralogs. Paralogs dapat dibagi ke dalam paralogs (pasang paralogous yang muncul setelah acara spesiasi) dan out-paralogs (pasang paralogous yang muncul sebelum acara spesiasi). Antara spesies out-paralogs adalah sepasang paralogs yang ada antara dua organisme karena duplikasi sebelum spesiasi. Dalam spesies out-paralogs adalah sepasang paralogs yang ada dalam organisme sama, tetapi peristiwa duplikasi yang terjadi setelah spesiasi. Paralogs biasanya memiliki fungsi yang sama atau mirip, tapi kadang-kadang tidak. Karena kurangnya tekanan selektif asli berdasarkan satu salinan duplikasi gen, salinan ini gratis untuk bermutasi dan memperoleh fungsi baru. Paralogous urutan memberikan wawasan yang berguna dalam cara genom berevolusi. Gen pengkodean Mioglobin dan hemoglobin dianggap paralogs kuno. Demikian pula, empat kelas dikenal hemoglobins (hemoglobin A, hemoglobin A2, hemoglobin B, dan hemoglobin F) adalah paralogs satu sama lain. Sementara masing-masing dari protein menyajikan fungsi dasar yang sama transpor oksigen, mereka telah sudah menyimpang sedikit dalam fungsi: janin hemoglobin (hemoglobin F) memiliki afinitas tinggi untuk oksigen dari hemoglobin dewasa. Namun, fungsi tidak selalu kekal. Manusia angiogenin menyimpang dari katalisis, misalnya, dan sementara paralogs dua tetap sama dalam struktur tersier, fungsinya dalam sel yang sekarang berbeda.