FIGURE [3] OMITTEDMenerapkan metode

FIGURE [3] OMITTED

Menerapkan metode untuk menentukan stoichiometries absolut

Kami dievaluasi potensi untuk metode ini dengan menggunakan ini untuk menentukan stoichiometries absolut dari yeast tumbuh sepanjang log fase dengan glukosa sebagai karbon sumber. Kita tumbuh tiga terpisah yeast budaya dan terisolasi protein. Kami eksperimen yang dilakukan sebagai dijelaskan pada Gambar 1 mendalam dengan massa Gas-Spektrometri pengurutan dari 20 fractions untuk setiap percobaan. Jumlah total jumlah Peptida terdeteksi dalam budaya 1-3 adalah 76,893; 77,439 dan 81,012, berturut-turut (Tabel Supplementary 1-4). Kami palsu penemuan bunga dihitung berdasarkan target-decoy database approach30. Dalam sebuah eksperimen yang terpisah, fosfatase reaksi dipertunjukkan di tingkat peptide adalah >99% efektif Metode Online ().

Untuk menggunakan metode ini, kita perlu daftar Fosforilasi situs. Kami menggunakan situs yang ditentukan dalam lima diterbitkan yeast Fosforilasi studi (7, 10, 31-33). Kami mendapat nilai tindih antara kita datasets untuk phosphatase-treated sampel dan urutan sekitar situs ini diterbitkan. Lokasi ke shot-gun sifat LC-MS/MS, tidak setiap ODP diidentifikasi. Dalam percobaan ini proof-of-principle, untuk melaporkan 5,033 situs dalam literatur, kami mendeteksi keberadaan nonphosphorylated peptide formulir. Kami merencanakan mereka berat/cahaya spesies perbandingan (Fig. 2a), dan menunjukkan contoh dari perhitungan asing dari rasio diukur dan stoichiometry distribusi Fig. 2b, (c). dihuni >90% sangat tinggi () tidak umum, hanya satu yang terjadi di dalam sepuluh situs. The majority of sites had low occupancy, with half displaying occupancies of

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

GAMBAR [3] DIHILANGKANMenerapkan metode untuk menentukan stoichiometries absolutKami dievaluasi kelompok untuk metode ini dengan menggunakan ini untuk menentukan stoichiometries absolut dari ragi tumbuh sepanjang log dalam fase dengan glukosa sebagai karbon sumber. Kita tumbuh tiga terpisah ragi budaya dan terisolasi protein. Kami eksperimen yang dilakukan sebagai dijelaskan pada Gambar 1 mendalam dengan massa Gas-Spektrometri pengurutan dari 20 pecahan untuk setiap percobaan. Jumlah total jumlah Peptida terdeteksi dalam budaya adalah 1-3 76,893; 77,439 dan 81,012, berturut-turut (Tabel tambahan 1-4). Kami palsu penemuan bunga dihitung berdasarkan sasaran-pemikat database approach30. Dalam membahas eksperimen yang terpisah, fosfatase reaksi dipertunjukkan di tingkat peptida adalah > 99% efektif Metode Online ().Untuk menggunakan metode ini, kita tagline daftar Fosforilasi situs. Kami menggunakan situs yang ditentukan dalam lima diterbitkan ragi Fosforilasi studi (7, 10, 31-33). Kami mendapat nilai tindih antara kita dataset untuk diperlakukan fosfatase sampel dan urutan sekitar situs ini diterbitkan. Interest ke shot-gun sifat LC-MS/MS, tidak setiap ODP diidentifikasi. Dalam percobaan ini bukti dari prinsip, untuk melaporkan 5,033 situs dalam literatur, kami mendeteksi keberadaan peptida nonphosphorylated formulir. Kami merencanakan mereka berat cahaya spesies perbandingan (Fig. 2a), dan menunjukkan contoh dari perhitungan asing dari rasio diukur dan stoikiometri distribusi Fig. 2b, (c). dihuni > 90% sangat tinggi () tidak umum, hanya satu yang terjadi di dalam sepuluh situs. Sebagian besar situs memiliki hunian rendah, dengan setengah menampilkan tingkat hunian dari < 30%. Beberapa contoh yang buah motif diperlihatkan di Tabel tambahan 5.

Hasil (Bahasa Indonesia) 2:

GAMBAR [3] dihilangkan

Checklists Memverifikasi Metode untuk review menentukan stoichiometries absolut

Kami dievaluasi Potensi untuk review Metode Penyanyi DENGAN using Penyanyi untuk review menentukan stoichiometries absolut Dari ragi Tumbuh Sepanjang log fase DENGAN Glukosa sebagai KARBON Sumber. Kita Tumbuh Tiga terpisah ragi budaya Dan protein terisolasi. Kami eksperimen Yang dilakukan sebagai dijelaskan PADA Gambar 1 Mendalam DENGAN massa Gas-Spektrometri pengurutan Dari 20 fraksi untuk review SETIAP Percobaan. Jangka Waktu Total Jangka Waktu Peptida terdeteksi hearts budaya 1-3 Adalah 76.893; 77.439 Dan 81012, berturut-Turut (Tabel Tambahan 1-4). Kami Palsu penemuan bunga dihitung berdasarkan sasaran-umpan approach30 basis data. Dalam SEBUAH eksperimen Yang terpisah, fosfatase Reaksi dipertunjukkan di Tingkat peptida Adalah> 99% Efektif Metode Online ().

UNTUK using Metode Penyanyi, kitd Perlu PT fosforilasi situs. Kami using situs Yang ditentukan hearts lima Diterbitkan ragi fosforilasi Studi (7, 10, 31-33). Kami mendapat Nilai tindih antara kita dataset untuk review fosfatase-diperlakukan sampel Dan Urutan Sekitar situs Penyanyi Diterbitkan. Tourism Ke shot-gun Sifat LC-MS / MS, TIDAK SETIAP ODP diidentifikasi. Dalam Percobaan Penyanyi bukti-of-prinsip, untuk review melaporkan 5.033 situs hearts literatur, kami mendeteksi keberadaan nonphosphorylated peptida Formulir. Kami merencanakan mereka Berat / cahaya spesies PERBANDINGAN (Gambar. 2a), Dan menunjukkan contoh Dari perhitungan Asing Dari rasio diukur Dan stoikiometri Distribusi Gambar. 2b, (c). dihuni> 90% Sangat Tinggi () Tidak Sales manager, Hanya Satu Yang Terjadi di hearts Sepuluh situs. Sebagian besar situs memiliki hunian yang rendah, dengan setengah menampilkan tingkat hunian dari <30%. Beberapa contoh Yang BERBEDA motif diperlihatkan di Tabel 5 Tambahan.