The average DG 8 value at each posi

The average DG 8 value at each position of the TIR for each
species is shown in Figure 1, aligned according to RS. The
DG 8 troughs upstream from RS 0 are consistent with previous
experimental studies on the location of the SD sequence [7,8],
as well as with computational studies either simulating free
energy changes [15,26] or using information theory [27]. The
DG 8 trough immediately after the first base in the initiation
codon, at RSþ1, is unexpected, but present in a significant
portion of genes in all species examined. The histograms of
Figure 2 show the distributions of RS positions of the
strongest SD-like sequences (where DG 8 ,
3.4535, see the
Materials and Methods section for more details) in each TIR
for all genes within a species. For all genes that contain an
SD-like sequence, we will call genes where the lowest DG 8
value is at RSþ1, þ1 genes, and þ1 genes where DG 8 ,
8.4
kcal/mol, strong þ1 genes. Genes where the strongest SD-like
sequence is between RS-20 and RS-1, inclusive, are designated
upstream genes, and similarly, downstream genes are genes where
the strongest SD-like sequence is between RSþ1 and RSþ20,
keeping in mind that these designations do not imply that
other SD-like sequences do not exist in the TIR, but only that
they do not bind with as low a DG 8 value to the rRNA. If a
trough of minimal free energy can be definitive of the SD
sequence, a site whose location is presumed to be upstream
from the coding region, the þ1 genes are unexpected in that
they exist within, not upstream from, the coding region. Our
study focuses on the characterization of the sequence
interactions that give rise to strong þ1 genes and on possible
explanations for their presence; we have reserved the downstream genes for future analysis.

Hasil (Bahasa Indonesia) 1:

Nilai rata-rata DG 8 di setiap posisi TIR untuk masing-masingspesies ditunjukkan dalam gambar 1, selaras menurut RS. TheDG 8 palung hulu dari RS 0 konsisten dengan sebelumnyaStudi percobaan pada lokasi urutan SD [7,8],seperti halnya dengan komputasi studi baik simulasi gratisperubahan energi [15,26] atau menggunakan teori informasi [27]. TheDG 8 palung segera setelah base pertama dalam inisiasikodon, di RSþ1, tak terduga, tetapi hadir dalam signifikansebagian dari gen dalam semua spesies yang diteliti. Histogram dariGambar 2 menunjukkan distribusi posisi RSterkuat SD-seperti urutan (mana DG 8, 3.4535, melihatBagian bahan dan metode untuk rincian lebih lanjut) di setiap TIRuntuk semua gen dalam spesies. Untuk semua gen yang mengandungUrutan SD-seperti, kami akan menyebut gen mana 8 DG terendahnilai adalah RSþ1, þ1 gen dan þ1 gen mana DG 8, 8.4kcal/mol, kuat þ1 gen. Gen mana yang terkuat SD-sepertiurutan ini adalah antara RS-20 dan RS-1, inklusif, yang ditunjukHulu gen, dan demikian pula, hilir Gen gen yang manaurutan SD-seperti yang terkuat adalah antara RSþ1 dan RSþ20,mengingat bahwa sebutan ini tidak berarti bahwaurutan SD-seperti lain tidak ada di TIR, tapi hanya itumereka tidak mengikat dengan serendah DG 8 nilai rRNA. Jikapalung dari minimal energi bebas dapat definitif SDurutan, tempat lokasi yang diduga menjadi huludari daerah, gen þ1 tak terduga dalammereka ada dalam, tidak hulu dari, daerah. KamiStudi berfokus pada karakterisasi urutaninteraksi yang menimbulkan ke þ1 kuat gen dan mungkinpenjelasan untuk kehadiran mereka; kami telah memesan gen hilir untuk analisis masa depan.